הרב קוק ופעילותו החינוכית בתקופת יפו

(תרס"ד-תרע"ד)

יוסף אבנרי

ניב המדרשיה יח-יט (תשמ"ה-מו)


תוכן המאמר:
מבוא
החינוך בהגות הרב
בית הספר "תחכמוני
הרב קוק והגמנסיה העברית "הרצליה"
התכנית לישיבה המרכזית ביפו
תלמודי תורה
סיכום

תקציר: מאמר זה הינו מתוך מחקר לקבלת תואר .M .A על הנושא "פועלו של הראי"ה קוק ביפו בשנים תרס"ד-תרע"ד", שנכתב בהדרכתו של פרופ' מ. אליאב באוניברסיטת בר-אילן.

מבוא
מאז ומתמיד העמידו קהילות ישראל את נושא החינוך בראש סולם עדיפויותיהן. החינוך המסורתי, אשר טיפח בקרב חניכיו את קנייניו הרוחניים של העם היהודי, שימש ערובה לרצף קיומו המקורי של עם ישראל. חדירת ההשכלה לשכבות נרחבות בציבור היהודי חוללה זעזועים ותמורות בנושא החינוך. מרבית הציבור החרדי גילה התנגדות תקיפה לכל ניסיון לשינוי בדפוסי החינוך המסורתי ותכניו, וזאת מתוך חשש שבד בבד עם שילוב לימודי-חול במערכת החינוך המסורתית, עלולים להתפתח ניצני החילוניות.

העמותים האידיאולוגיים והמעשיים שהתקיימו על רקע זה לא פסחו על היישוב היהודי בארץ ישראל, אשר ברבע האחרון למאה הי"ט, החלו ניסיונות לחולל בתוכו תמורות הדרגתיות בחינוך. פעולות אלו שחלקן השתלב במגמות לפרודוקטיביזציה של היישוב הישן בוצעו תחילה תוך הקפדה על צביונו הדתי המובהק של החינוך. למרות זאת נתקלו המאמצים לשינוי פני מערכת החינוך בתגובות עוינות, שבמהלכן שימשו לחצים כלכליים, איומים, איסורים וחרמות אמצעים שיגרתיים לבלימת כל רפורמה בחינוך. המאבק נגד השינויים בחינוך נוהל בעיקרו ע"י אנשי היישוב הישן האשכנזי, נתמך החלוקה, אשר חששותיו מפני מגמות החילון בחינוך גברו בתקופת העלייה הראשונה והשנייה.

הרב קוק, שנקלע עם עלייתו לארץ-ישראל למציאות חינוכית רב-גונית, נאלץ תוך מילוי תפקידו להתייחס לכלל הגישות החינוכיות שרווחו ביישוב. עובדה זאת טמנה בחובה עימותים כמעט וודאיים עם אותם פלגים בציבור, שאת השקפותיהם החינוכיות לא יכול היה הרב לאמץ, והם מצידם דחו את רעיונותיו בתחום הנדון.

למעשה לא נמצאת ביישוב אף לא מסגרת חינוכית אחת שתאמה את דעתו בנושא זה. במידה מועטה או מרובה - בהתאם לסוג המוסד - מתח הרב ביקורת על כל סוגי מוסדות החינוך הקיימים בארץ-ישראל. כדרכו לא הסתפק הרב בהצגת הליקויים הקיימים, אלא הציע פתרונות מעשיים לשפור המצב. עוד בתקופת כהונתו כרבה של בויסק הגה שינויים מסוימים בתכנית הלימודים הישיבתית המקובלת, אשר אמורים היו להשיב על אתגרים רעיוניים דתיים שהזמן גרמם. תכניות אלו שניסה הרב לממש ביפו, מורות על המודל החינוכי האידיאלי של הרב. במאמר זה ייבחן יחס הרב לסוגי מוסדות החינוך שפעלו בזמנו בארץ-ישראל, ומתוך כך תובהר השפעת עמדתו בנושא החינוך על התפתחות היחסים בינו לבין היישוב הישן והחדש. קודם להצגת עמדתו בנושאים קונקרטיים יתואר בקצרה ה"אני-מאמין" החינוכי של הרב, אשר יתן בידנו את אמת-המידה התיאורטית שלאורה בחן את מערכת החינוך בארץ-ישראל.

החינוך בהגות הרב
בראשית תרס"ט פירסם הרב גילוי דעת עקרוני בנושא החינוך מעל דפי "החבצלת". דבריו התמקדו בניתוח מהות החינוך ויעדיו, בערך לימודי הקודש וביחס בינם לבין לימודים כלליים. יחסו של הרב אל מוסדות החינוך בכלל ואל "תחכמוני" בפרט מתבהר במאמר הנ"ל, שרעיונותיו העיקריים מובאים בזה.

• היעד המרכזי של החינוך הוא עיצוב אדם "טוב-וישר".
• מטרה משנית וצדדית של החינוך היא הכשרת האדם למלחמת החיים.
• האמצעי להשגת המטרה הראשונה הוא התמדה בלימודי היהדות.
• עם ישראל נקט מאז ומעולם באמצעי החינוך המובילים את האדם לקראת 'הטוב והישר' אומות העולם, בניגוד לעם ישראל, הפכו את סדר העדיפויות, ולדידם מלחמת החיים היא העיקר והדרישה אל 'הטוב והישר' היא טפל.

בהשפעת הסביבה הזרה החל חלק מעם ישראל להפריז בחשיבות האמצעים המכשירים את האדם למלחמת החיים.

האמצעים להשגת המטרה השנייה כוללים גם לימודים כלליים, מטרה זאת לא תוגשם אם ינסו לממשה תוך הינתקות מהיעד המרכזי של החינוך.

• כנגד מגמה זאת קמו גדולי האומה וקבעו, כי במוסדות החינוך היהודים ילמדו רק לימודי קודש, וכך יימנע עירוב קודש וחול. מוסדות החינוך התורניים של עם ישראל הם לדעתם מבצרי החינוך של עם ישראל, ולדעה זאת שותף הרב.

• אלו אשר "החיים הכבידו עליהם את אכפם" ונאלצו להתחנך בבתי הספר המשלבים קודש וחול, חייבים לנקוט אמצעים שימנעו הישחקות החינוך היהודי.

• בציון, מרכז התורה, ומקום שכלול רוחניותו של עם ישראל, חייבים במשנה זהירות בכל הנוגע ללימודי חול. א"י חייבת להישאר מרכז קדושה ולא מוקד לחיי חולין. על פי הקריטריונים הנ"ל הבחין הרב בין שלושה סוגי מוסדות חינוכיים בארץ-ישראל.

א. החינוך "העתיק" המכונס בקדושתו הפנימית, והדוחה כל מגמת שינוי שמשתמע ממנה שמץ של חולין, וזאת על אף שכורח המציאות מחייב בחינה מחודשת של עמדותיו הנוקשות.

ב. חינוך המשלב לימודי יהדות אינטנסיביים עם טיפוח "האמצעים המכשירים את האדם למלחמת החיים ברוח איתן". מסגרת חינוכית זאת אמנם מדגישה, כי הלימודים החיוניים להכשרת התלמיד לחיי יום יום עומדים בדרגה פחותה מלימודי הקודש, אך עצם נחיצותם אינה מוטלת בספק.

ג. חינוך לאומי חילוני, השולל את ערכי היהדות המסורתיים, וממקד את הוראתו בהקנית ערכים לאומיים חילוניים, בצד שקידה על הכשרת תלמידיו לקראת התמודדותם עם "צורכי החיים הזמניים". אע"פ שהרב לחם בחינוך החילוני, הוא הכיר בניצוץ קדושה הגנוז במערכת החינוך הלאומית השואפת להאדיר את בניינה החומרי של ארץ ישראל. אין ספק כי החינוך החילוני דורג בתחתית סולם העדיפויות החינוכי של הרב. הבעיה מתעוררת בבואנו לקבוע איזו שיטה חינוכית ניצבת לדעתו בראש.

הרב לא המליץ על סינתיזה של לימודי קודש וחול. החינוך הסינטטי יקהה את חודן של הקודש והחול כאחד. באחד. במצב דברים זה נשאלת השאלה, מהי המתודה החינוכית שתאפשר הוראת קודש וחול במסגרת אחת. הניסוח הכללי של הרב, לפיו לימודי חול הם משניים ללימודי קודש, אינה מסייעת בהגדרה ברורה של מהות השילוב בין לימודי קודש וחול, מאחר ועדיין נותר מרחב ניכר לקביעת האיזון הכמותי והאיכותי שבין שני התחומים.

החידוש בדברי הרב הוא בהכרה העקרונית, כי בראשית המאה העשרים אין שיטת "החינוך העתיק" מציגה פתרונות לכלל האתגרים החינוכיות האקטואלים. שיטה זאת כוחה יפה לציבור מסוים, אך הפלורליזם החברתי-דתי-רעיוני בחברה היהודית בת-זמננו, מונע החלתה המוצלחת על כלל הציבור. הרב עירער מבחינה אידיאולוגית את מעמדה של שיטת "החינוך העתיק", אשר תומכיה נאבקו על שמירת בלעדיותה בזירת החינוך בארץ-ישראל.

התייחסות הרב לחינוך גם במישור התאורטי, לא הייתה מנותקת ממערכת אילוצים כיתתיים, שנתהוותה עקב מעמדו המיוחד, כרב היישוב החדש הרוחש הערכה רבה ליישוב הישן. על כן נמצא, כי דברי הרב, שנוסחו בזהירות מתוך מגמה למנוע התרחבות פערים בינו לבין החולקים על דרכו החינוכית, לוקים לעתים בחוסר בהירות. יותר משהורה הרב על מסקנות אופרטיביות ברורות, התמקד בניתוח אקדמי של בעיות החינוך בארץ ישראל, תוך רמיזות כלליות לשינויים מתבקשים. עתה נבחון איך קיבלה דעת הקהל את הנחותיו התאורטיות של הרב, וכיצד יושמו אותן הנחות. רעיונות הרב בנושא הנדון שימשו גורם לפולמוסים, שאחד מהם ניטש מעל דפי "החבצלת", ובו נאמר, כי מדברי הרב משתמע, שהוא ממעט בערך הלימודים הכלליים וזאת בניגוד לחוות דעתו בעבר, לפיה לימודי חול הם בבחינת "תשמישי-קדושה". בכתבה אחרת מקשה הכותב מדברי הרב ב"חבצלת" על דבריו ב"אדר-היקר", בעל המאמר מסכים למשניותם של לימודי חול, אך מסתייג מדברי הרב, לפיהם עדיף ללמוד לימודי חול באופן בלתי ממוסד, כמו-כן אין הכותב סבור, כי צירוף לימודי קודש וחול זקוק לשמירה גדולה.

כנגד ביקורת זאת לימד אחד הכותבים סנגוריה על דעות הרב, ופנה לציבור לנטוש את הפולמוס שהתעורר סביב נושא החינוך. הרב שמיעט בפרסום דברים מעל דפי העיתונות, נמנע מלהגיב בפומבי על הדברים האמורים, וכעבור זמן קצר פסק הויכוח, למרות זאת נודעה לוויכוח חשיבות, עקב השאלה הקונקרטית הדוחקת, היכן וכיצד יחונך הנוער הדתי ביישוב החדש.

כאן המקום להקדיש דברים לביה"ס "תחכמוני" אשר בשנותיו הראשונות שימש שדה ניסוי למגמות חנוכיות חדשניות שהיוו סלע מחלוקת בין החוגים השונים ביהדות הדתית.

להלן נבהיר מה היה חלקו של הרב בעיצוב דמות "תחכמוני", וכיצד השתלבו רעיונותיו בתחום החינוך בחיי בי"ס זה.

בית הספר "תחכמוני"
"מטרת התחכמוני ברורה היא, להרים את דגל היהדות האמתית בא"י באופן שתהיה מלאה בכל הטוב .... הנמצא בכל המפלגות השונות, ולעבד סגנון מיוחד..."
(איגרות הראי"ה ב, עמ' י"ג).
ראשית "תחכמוני" ביפו בחדר מתוקן שהוקם בשנת 1905 ע"י אנשי אגודת "אחוה" במטרה לשלב מעט לימודי חול בתכנית הלימודים, שרובה המכריע נותר עדיין בתחום לימודי הקודש, המוסד שכונה "חדר אחוה" זכה לאהדת הציבור החרדי המקומי, ובשנת תרס"ח כשלמדו בו כשמונים ילד, מונה כמנהלו ד"ר יוסף זליגר, שמינויו זכה להסכמה ועידוד מצד הרב קוק, בהנהלתו זכה המוסד שכונה מעתה "תחכמוני" לתנופת התפתחות, ביזמתו הוכנו תוכניות לימוד ארוכות טווח שכללו בין היתר לימודים על-תיכונים. למרבית הצער נמשכה פריחת המוסד תקופה קצרה בלבד, ד"ר זליגר נאלץ לפרוש מעבודתו בתום שנת ניהול אחת, בעקבות מריבות אישיות ומחלוקות בדבר אופן ניהול ביה"ס ותכנית לימודיו, המשבר החריף בגלל מצוקה כספית, שבצרוף לגורמים שצוינו לעיל דרדרו את המוסד עד סף סגירה. שיפור במצב ה"תחכמוני" חל בעקבות ביקור הרב י. ל. מימון בארץ ישראל בקיץ תרס"ח. הרב מימון הגיע כשליח מרכז מזרחי ברוסיה כדי לבחון את מצב החינוך הדתי בארץ ישראל. במהלך סיורו נפגש עם עסקני "תחכמוני" והרב קוק לשיחות ממושכות, בהם נדון מצב "תחכמוני" ועתידו. מרכז המזרחי בפרנקפורט אימץ את המלצת הרב מימון בדבר הענקת חסות המזרחי ל"תחכמוני", לאחר שגם הרב קוק נעתר לבקשת עסקני "תחכמוני", ושיגר את המלצתו לאחר לבטים קשים ודחיות ממושכות, באיגרתו שהייתה מופנית לוועד "תחכמוני" עמד הרב קוק על ההידרדרות החינוכית ביישוב החדש בכלל וביפו בפרט, ועל ייעודו החיובי של ה"תחכמוני".

המכתב הסתיים בברכה לבבית לעסקני ה"תחכמוני", יחס הרב למוסד זה היה אמביולנטי. דבריו שכללו גילויי תמיכה בצד הצהרות הסתייגות, שיקפו את עמדתו החצויה בדבר ייעוד המוסד, ואת תגובותיו על התהפכות שפקדו את ביה"ס. כאמור, בשנת תרס"ח, שעה שעתיד "תחכמוני" עמד לדיון בפני הנהגת המזרחי, שיבח הרב את המוסד המשלב תורה וחכמה ומשליט אח השפה העברית. כעבור זמן, לאחר שדבר תמיכת הרב בביה"ס נודע ברבים, שיגר הרב מכתב שכוון לחוגי הישוב הישן. באיגרת זאת, הנושאת אופי אפולוגטי, התנצל כביכול על התמיכה שהעניק ל"תחכמוני", והרגיע את שוללי לימודי החול בציינו, כי היהדות הדתית תפיק תועלת מביה"ס שיעמוד תחת השגחתו. להלן עיקרי נימוקיו להצדקת תמיכתו ב"תחכמוני". .. . . . .

• ראוי לתמוך בכל מוסד חינוכי דתי שיעודד צימצום מספר התלמידים בגמנסיה "הרצליה". "תחכמוני", כשיגיע לרמה נאותה, עשוי להוות אלטרנטיבה חינוכית לגימנסיה, ובכך יסייע בהצלת צעירי ישראל מחינוך המושתת על כפירה.

• ראוי להשגיח על כל מוסד חינוכי הנכון להעמיד עצמו תחת פיקוח, "אע"פ שאין אנו מרוצים מיסודו", וזאת כדי לרכוש השפעה במוסדות החינוך.

• בעיית לימוד השפות, המהווה מכשול מרכזי עקב האיסורים שהוטלו בזמנו ע"י מנהיגי היישוב הישן, אינה אקטואלית לפי שעה, מאחר והלשונות הזרות נלמדות רק בכיתות הגבוהות, כשתגיע השעה תידון הבעיה מתוך מגמה למצוא צד היתר.

• לו חיו כיום הרבנים שהטילו את האיסור, ודאי היו משנים עמדתם לאור הנסיבות החדשות, ומגישים סיוע לפטרוני ה"תחכמוני", כדי "שלא יהיו יראי ה' וחושבי שמו נשפלים, נגד הרשעים המרימים קרן גאווה".

נמצאנו למדים, כי בצד עצם החיוב שראה הרב ב"תחכמוני", הוא מצא בו חשיבות כבלם פוטנציאלי להתפתחות הגמנסיה. לגמנסיה היה משקל משמעותי בהחלטתו לאמץ את "תחכמוני". ההשפעה שרכשה הגמנסיה בקרב הקהילה היפואית ומחוצה לה, דירבנה את חרדי יפו בעידוד הרב ליזום הקמת מוסד דתי מקביל. הרב לא התעלם מיסודות חיוביים שבבתי-הספר הלאומיים חילוניים, כגון רמת-הלימודים, עזרי לימוד, ארגון יעיל, וסבר כי על מנהלי "תחכמוני" לאמצם כדי שרמת "תחכמוני" לא תיפול מזו של הגמנסיה, ומזו של גימנסיות באירופה. למעשה הכיר בעובדה, כי רמת "תחכמוני" עדיין ירודה מרמת הגמנסיה, על כן דרש להתמיד במאמצים להעלאת רמתו. במסגרת זאת המליץ להוסיף ל"תחכמוני" שתי כיתות גבוהות, כדי שישתווה מבחינת היקף מסלול לימודיו לגמנסיה. בדברו על התחרות בין הגמנסיה ל"תחכמוני" נתכוון הרב גם לצד האסטטי, ובעיקר דרש להשרות ב"תחכמוני" רוח-לאומית, אשר עליה מושתת להערכתו כוח המערכה של הגמנסיה. מובן כי ב"תחכמוני" חייב רגש הלאומיות להיות "מעובד ומלוטש ברוח ה' ".

עמדת הרב ביחס ל"תחכמוני" עוררה תגובות ביקורתיות בחוגים חרדיים ששללו חינוך כללי. באיגרות ששלח לאישים שונים הוא חזר על הנמקותיו הקודמות, וניסה לשכנעם לתמוך בעמדתו. הוא הגדיר את ההשגחה על מוסדות החינוך החרדי כמפעל הצלה, שאם לא יבוצע, תישלל ממנהיגי היהדות החרדית ההשפעה על המתרחש בבתי-הספר, ואז יוחמר מצב החינוך שבעתיים. שלילה מוחלטת של לימודי חול מהווה התעלמות מכורח המציאות. עדיף לנסות ולכוון את המציאות לאפיקים הרצויים, מאשר להניח לה להדרדר בגלל פגמים מסוימים המצויים בה, למצב בו אכן תהא זאת מציאות שלילית לחלוטין. האידיאל החינוכי אליו שאף הרב להעלות את ה"תחכמוני" היה מתכונת לימודית התואמת את פעלם החינוכי של הרבנים ש.ר. הירש ועזריאל הילדסהיימר. הוא קרא ליצירת רשת מקיפה של מוסדות חינוך מסוג "תחכמוני" בכל המושבות, וכן המליץ ליסד בי"ס מקביל לבנות. בשלב מסוים תלה הרב תקוות מרחיקות לכת ב"תחכמוני", עד ששיער כי חלק מבוגריו המוכשרים ישתלבו במסגרת הלימודים הישיבתית החדשה שהקים ביפו, וחלק אחר ימשיך במסגרת סמינר למורים שיוקם כהמשך ל"תחכמוני". השגחתו על "תחכמוני" לא הייתה פורמלית בלבד. במכתב מראשית תרע"ג שהופנה לוועד "תחכמוני" בגרמניה, פירט הרב את המשמעות המעשית של פיקוחו. מתוכן הדברים ניתן להסיק, כי הוא חתר לשליטה אבסולוטית על כל המתרחש בין כותלי ביה"ס. כן משתמע, כי תביעתו זאת היתה אולטימטיבית, ובמילואה הותנה המשך השגחתו על ה"תחכמוני". נראה כי דרישות אלו, שפירושן העברת ניהול המוסד למעשה לידי הרב, באו כתגובה על אכזבתו מאי התקדמותו של ה"תחכמוני". באגרת הנ"ל הוצגו התביעות הבאות:

• מינוי ופיטור מורים ייעשה רק באישורו של הרב.
• תכנית הלימודים וכל שינוי בה טעונים אישורו המוקדם.
• לא יוכנס ספר לימוד ל"תחכמוני" ללא הסכמתו.
• הרב יקבל כל חודש דיווח מעודכן על הספק הלימודים בחודש החולף.
• מדי חודש תתקיים בביתו אסיפת מורים, בה ידונו על מצבו הרוחני של המוסד.

בהמשך איגרתו הביע הרב מורת רוח על כי דרישותיו אלו, שכבר השמיעו בעבר, טרם נתמלאו, ודרש במפגיע מוועד "תחכמוני" בפרנקפורט לפעול לקבלתן לאלתר. משלא נענה, שב ודרש בתוקף את גיבוי המזרחי לעמדותיו אלו. עיון אובייקטיבי בדרישותיו אינו מותיר מקום לספק, כי פירושן המעשי הוא התרוקנות תפקיד המנהל מכל תוכן, והאצלת סמכויות לגורם חיצוני. מאידך גיסא מובנת גישה הרב, אשר חרד שמא מוסד טיפוחיו, בו תלה תקוות כה רבות יאכזב עקב ניהול לקוי. כישלון "תחכמוני" יעורר "שמחה לאיד" בקרב מבקריו אשר יראו בכך ראיה להצדקת התנגדותם המוחלטת ללימודי חול.

תמיכתו המלאה של הרב ב"תחכמוני" עשויה הייתה להתפרש כהעזה והתרסה כלפי שיטת החינוך של היישוב הישן. כנגד הסיכונים שנטל הרב, תבע הוא איפוא, ובצדק, ביטחונות מתאימים שיצמצמו את אפשרות הכישלון של המוסד. המציאות ציננה מעט את התלהבות הרב מ"תחכמוני". ובאיגרות משנת תרע"ג לא נמצא את השבחים שהרעיף על המוסד בשנים קודמות.

באמצע שנת תרע"ג נאלץ הרב להודות בפה מלא, כי המוסד לא הגשים את התקוות שתלו בו, ומצבו טעון תיקון מידי. בצער קבע: "דאבון לבי גדול מאוד על משאת הנפש שלא יצאה אל הפועל". למרות זאת מצא נחמה בעצם קיום המוסד, המעיד על פריצת דרך חשובה בתחום החינוך, וסבר כי כל זמן שהמוסד קיים יש סיכוי להצלתו. הרב רמז פעם נוספת, כי שורש הפתרון לבעיות המוסד טמון בהיענות לדרישותיו ביחס למידת פיקוחו על ביה"ס כן חזר על המלצותיו להוספת שתי מחלקות עליונות ולהעלאת רמת לימודי הקודש. מעורבות הרב בענייני "תחכמוני" לא פסקה גם בשעה שחש כי השפעתו אינה מניבה את התוצאות המיוחלות.

בראשית שנת הלימודים תרע"ד הודיע למנהל "תחכמוני", ד"ר ענגל, על התנגדותו לשימוש בספרי לימוד חדשים לתנ"ך, ותבע למנוע שימוש בכל ספר חדש הן ע"י התלמידים והן ע"י המורים, כל עוד לא אושר תוכנו על-ידו. באותה הזדמנות הציע למנהל ביה"ס מספר הצעות בנוגע ללימודי היהדות, וכן הביע הסכמתו ללימוד גרמנית כשפה זרה. הרב לא חסך שבט-ביקורתו מהמנהל ד"ר ענגל, שבהנהגתו נעשו דברים נגד רצונו, וזאת לדבריו כתוצאה מאי הקפדה על התנאי שלא ייעשה ב"תחכמוני" דבר בתחום הרוחני ללא ידיעתו.

אכזבת הרב מ"תחכמוני" התבטאה בשינה דעתו על המוסד: "לא על ידם ניבנה לקומם את פליטת ישראל . . . מקור החיים וההצלה הנצחית יישאר לעולם בבתים הגדולים". רק מן הישיבות יקומו מנהיגי העם. לדבריו, מנהיגי "תחכמוני" עצמם, ובוודאי הוא, ממליצים בפני ההורים להעדיף מוסד חינוכי בו לומדים רק לימודי קודש. "רק לאלו האנוסים מאיזה טעם וסיבה . . . לחנך את ילדיהם בחינוך שיש בו לימודי חול, הננו עומדים מוכנים להצילו ממקומות של . . .כפירה". באיגרת זאת הוצג "תחכמוני" "כרע-במיעוטו" ומקלט ל"אנוסים" שכורח חייהם כפה עליהם לימודי חול. ייתכן וההתבטאויות המסתיגות מ"תחכמוני" ביטאו לא רק את מורת-רוחו ממצבו, אלא גם נתכוונו להניח את דעתו של היישוב הישן. כאמור, החינוך בכלל ו"תחכמוני" בפרט היו נושא שנוי במחלוקת בין הרב לבין הפלגים השונים ביישוב. לכן יובן כי בפנותו ליישוב הישן או לנציגיו עבר הרב לעמדת התגוננות והשתדל לנמק מדוע פג תוקף החרם שהוטל בזמנו על לימודי חול.

בביקורתו על המאבק שניהלו חוגים ביישוב הישן נגד "תחכמוני", פסל הרב לא את עצם הדעות המושמעות נגד ביה"ס, אלא את שיטת המאבק הבלתי מכובדת, הכורכת הבעת דעות ענייניות בהשמצות אישיות על מנהלי "תחכמוני". הרב ציין, כי אילו נמנעו מתנגדיו מכינויי גנאי ועלילות שווא כלפי מנהלי "תחכמוני", והיו מסתפקים בביקורת ענינית, כי אז לא היה יוצא להגנת "תחכמוני".

בפולמוס שהתעורר בראשית תרע"ד סביב "תחכמוני" נטל חלק גם ד"ר י. ענגל מנהל "תחכמוני", אשר שאל את הרב קוק, האם ימשיך ויתמוך ב"תחכמוני" למרות החרם שהוטל עליו על ידי חכמי ירושלים. בתשובת הרב הובהר, כי החרם נועד בזמנו לעשות סיג לתורה, ואילו כיום "תחכמוני" עצמו הוא סייג לתורה. התמיכה העקרונית שהעניק הרב ל"תחכמוני" הקלה על ד"ר ענגל את הפנייה במכתב גלוי לרב זוננפלד ממנהיגי הישוב הישן שבו מחה על הגדרת מורי "תחכמוני" כפורקי עול תורה. הכותב הביע תמיהה, כיצד נתן הרב זוננפלד יד להשמצות, שעה שידע כי הרב קוק משגיח על המוסד. בדברי תשובה טען הרב זוננפלד, כי הרב קוק עצמו נמנע מלהכנס במשך שנתיים לביה"ס "תחכמוני" עקב "איסור הגאונים הקדמונים", אך עתה משנשתנו הנסיבות ראה הרב קוק ב"תחכמוני" את הרע-במיעוטו, ומכאן השינוי ביחסו למוסד. בסוף תשובתו ציין הרב זוננפלד, כי האזהרה מפני לימוד ב"תחכמוני" לא חלה על תושבי יפו הנתונים למרות הרב קוק, אך היא כן חלה על בני ירושלים המתגוררים ביפו, כך שלדבריו אין בכך כל פגיעה ברב קוק. הרב לא נערך למאבק מאורגן על עמדותיו, אלא ניסה לשכנע את החולקים על דעתו בדברי נועם ופיוסין. כדרכו השתדל לאתר את הסכסוך ולהצניעו, כדי למנוע הידרדרות היחסים בין הפלגים היריבים ביישוב. דרכי שלום אלה לא מנעוהו מלחזור ולהביע את דעותיו השנויות במחלוקת.

דבריהם החריפים של המתנגדים עוררו חשש, כי גם רשת בתי-הספר "נצח-ישראל" שבמושבות עלולה להינזק, וכך תיפגע כל מערכת החינוך הדתית ביישוב החדש. לנוכח אפשרות זאת לא יכול היה הרב להבליג, והוא הביע פעם נוספת תמיכה עקרונית ביסוד ביה"ס בהם משולבים לימודי חול-וקודש. הוא ציין, כי אם יווסדו בעתיד בתי"ס דוגמת "תחכמוני" הוא יפקח עליהם; כי ללא פיקוחו הם עלולים "להתקלקל", אולם לא הוא האיש שייזום את הקמתם. כאשר תועלה יזמה להקמת מוסדות כאלו הציע הרב שלא ייעשה דבר נגד איסור הראשונים ללא הסכמת גדולי התורה רבני הבד"צ וגדולי הדור בחו"ל. המחלוקת עם חלק מאנשי ירושלים לא מנעה ממנו את המשך הפעילות השגרתית בעניני "תחכמוני". באותו הזמן שירטט הרב קווים כלליים של תכנית ללימודי חול. על פי תכנית זאת תוענק עדיפות ללימודי חול הקשורים לחכמת ישראל. בין היתר קבע, כי אין כדאיות כלכלית ללמוד חקלאות במטרה להכשיר אגרונומים, לעומת זאת ראוי להורות שיעורי מסחר פדגוגיה ורבנות, תוך שמירת העיקרון המנחה "צריכים לעשות את התורה עיקר, ויתר המדעים טפלים לה". בחילופי המכתבים שניהל עם ההיסטוריון והמחנך הרב זאב יעבץ הציע הרב לפתוח בביה"ס "תחכמוני" מחלקה מיוחדת לתלמידים שהוריהם אינם מעוניינים בחינוך מודרני. לדעת הרב קיימת דרישה ניכרת מצד ההורים לפתיחת מחלקה כזאת, ולהערכתו צפויה לה הצלחה שתתרום לקידומו של "תחכמוני".

פרטים אלה בהם דן הרב מלמדים, עד כמה טרח לנסות להשפיע על עיצוב דרכו של "תחכמוני" ועל קירובו לחינוך הישן.

הרב התמיד בביקוריו ב"תחכמוני", בבחינת תלמידיו, בייעוץ להנהלתו, בהעברת תרומות אליו ובמינוי מורים ומנהלים. אולם הרושם הכללי מיחסו של הרב ל"תחכמוני" בתום תקופת כהונתו ביפו הוא של תקווה נכזבת. ייתכן שציפיות הרב היו מוגזמות. ספק אם "תחכמוני" - אפילו לו היה מגיע להישגים חינוכיים מרשימים - היה מסוגל לבלום את מערכת החינוך החילונית והגימנסיה בראשם. הבעיה עליה היה צריך להתגבר לא הייתה הגימנסיה אלא מסכת הרעיונות הלאומית חילונית שעמדה מאחורי יסוד הגימנסיה, ואשר הגימנסיה היתה אך אחת מגילוייה הפומביים. השתעשעות באשליה, כי ניתן להכות בגימנסיה באמצעות "תחכמוני", מלמדת כי הרב מיעט בהערכת עצמת השתרשותו של הזרם הלאומי חילוני בא"י, ועל כך להלן.

ייסוד "תחכמוני" היה כרוך בחבלי בראשית של בנית החינוך הדתי לאומי בארץ ישראל, וכדרך מרבית המפעלים הנחשוניים לוותה תחילת דרכו בקשיים. יחס הרב למוסד הקל מצד אחד על התבססותו, אולם מצד שני יצרו ההסתייגויות העקרוניות והמעשיות, שנתלוו מידי פעם לתמיכתו, תחושת אי בהירות באשר לעמדתו, עובדה שלא הקלה על התפתחות המוסד. ייתכן שניתן לפרש את הסתייגויות הרב גם כאמצעי לבלימת קיטרוג קיצוני מצד היישוב הישן על המוסד. תמיכה חד-משמעית ב"תחכמוני" מצד הרב הייתה עלולה להחריף עוד יותר את התנגדות היישוב הישן למוסדות החינוך הדתיים בהם שולבו לימודי חול. למרות ש"תחכמוני" לא זכה לגיבוי מוחלט מצד הרב, אפשרה תמיכתו פריצת דרך עקרונית בתחום החינוך הדתי לאומי בארץ ישראל. העובדה כי מנהיג רבני בעל שיעור קומה סמך ידיו על שילוב עקרוני של לימודי חול במערכת החינוך הדתית ביישוב החדש, הכשירה את המערכת הזאת בעיני חלק ניכר מהציבור, שהיה מעוניין להעניק לילדיו השכלה כללית בצד לימודים תורניים, וכל זאת במסגרת לאומית. הרב הביע דעותיו האוהדות ללימודי חול, בשעה קריטית מבחינת ראשיתו של החינוך הדתי לאומי בארץ ישראל, ובכך העלה תרומה רבת ערך להתפתחותו, ולהתגבשות ציבור דתי לאומי.

"תתכמוני" היה ראשון בתי הספר הדתיים לאומיים בארץ ישראל, והרב קוק היה הראשון בין רבני ארץ ישראל שהעניק תמיכתו לזרם חינוכי זה.

הרב קוק והגמנסיה העברית "הרצליה"
"שעה שעבר הרב קוק ליד פתחה של גמנסיה הרצליה, היה מברך שתי ברכות: ברוך מציב גבול אלמנה, וברוך שיעקור עבודה זרה מארצנו".
עיון באיגרות הרב, מלמד, כי כמעט כל האיגרות בהן הוזכר "תחכמוני" צוינה גם הגמנסיה ולהפך. כפי שנתברר עד כה, לא הייתה סמיכות פרשיות זאת מקרית.

יחס הרב קוק כלפי הגמנסיה שיקף את עמדתו השלילית התקיפה והעקבית כלפי החינוך הלאומי-חילוני, אשר גמנסיה "הרצליה" שימשה נדבך-יסוד בבניינו, ומקור גאווה להצלחתו.

הגמנסיה נוסדה בראשית שנת 1905 ע"י ד"ר י. ל. מטמון כהן, ביזמת משכילים לאומיים, בעלי אומנויות חופשיות מקרב היישוב החדש, ששאפו להקנות לבניהם השכלה כללית ולאומית, ולהעניק להם בסיס לימודים על תיכוניים. בעיקר נועד המוסד למנוע נטישת ארץ ישראל ע"י הנוער שבהיעדר בי"ס תיכון יאלץ לגלות "למקום תורה". זמן קצר אחר היווסדו הפך המוסד אבן שואבת לא רק לעשרות מבני הארץ, אלא גם לתלמידי חו"ל, שהוריהם העדיפו לזכות את בניהם בחינוך לאומי בארץ ישראל.

בדומה לתנועה הציונית, שהכריזה בקונגרס הראשון כי דבר אין לה עם הדת, קבעו מיסדי הרצליה חוק "לבלי התערב כלל ביחס התלמידים אל מנהגי הדת". הוחלט כי נושאי המסורת ילמדו רק בהקשרם הלאומי חילוני. ברור כי הסתייגות עקרונית מחינוך למצוות חרתה לרב, שזעמו גבר לשמע הידיעות, כי בגמנסיה נלמדים מקצועות היהדות לפי שיטת ביקורת המקרא. משמעות עובדה זאת בעיניו הייתה, כי בלב היישוב החדש קם מוסד השוקד, בסיוע התנועה הציונית, על עקירת מסורת ישראל מחד גיסא, ועל השרשת הכפירה בנוער העברי מאידך גיסא. למעשה לא היה בכוחו של הרב להשפיע באופן ישיר על גיבוש תכניות לימודי היהדות בגימנסיה, ופעילותו בנושא זה התמצתה, במחאות חריפות נגד המגמות האנטי דתיות שבמוסד, ובתמיכה ב"תחכמוני", בו ביקש לראות אלטרנטיבה ל"הרצליה".

עיקר התרעומת של הרב הופנתה כלפי המורים למקצועות היהדות, החותרים בהתמדה לעקירת היהדות. בניסיונותיו לבלום את השפעת הגמנסיה פנה הרב בין היתר בבקשה לתנועת המזרחי, לפעול במסגרת התנועה הציונית נגד התופעות השליליות המתרחשות בין כותלי הגימנסיה. פנייה זאת, כיתר מחאותיו בעניין הגמנסיה, לא נשאה פרי.

למרות התנגדותו התקיפה של הרב לגמנסיה, הוא נמנע מניהול מאבק גלוי נגדה. הנמקתו היתה: כי כל עוד טיעוניו נגד הגמנסיה הם שליליים בלבד, ואין באפשרותו להציע לציבור מוסד אלטרנטיבי דתי, שווה ערך מבחינת רמת לימודיו הכלליים לגמנסיה, לא ראוי לצאת למאבק פומבי בגמנסיה. על פי הערכתו לא הגיע עדיין "תחכמוני" בשנת תר"ע לרמה נאותה, לכן ראוי לשקוד בשלב זה על העלאת, רמת "תחכמוני". כאשר יוגשמו יעדי "תחכמוני" תהא שעת כושר לניהול מסע תעמולה תקיף כנגד הגמנסיה "העוקרת את החיים של האומה". כעבור מספר שנים, כשנתברר כי לא חל כל שיפור במצב "תחכמוני", מנה הרב סיבות נוספות לאי הכדאיות שביציאה למלחמה בגמנסיה.

סיבה אחת מעוגנת בניתוח המציאות החברתית בארץ ישראל, לפיה אין להיאבק מפני דרכי שלום. אין זו השעה המתאימה למלחמת אחים, אפילו בנוגע למטרה קדושה. סיבה נוספת קשורה בהגותו של הרב, ולפיה בוודאי יש בלבם של האחים הרחוקים "איזה טוב נסתר פנימי" שעתיד לבסוף להחזירם למוטב. לעומת כל השלילה שבגמנסיה מצא בה צד אחד לחיוב - עצם קיומה ממריץ את מוסדות החינוך הדתיים לשפר את רמתם. הרב הרבה לדרבן את עסקני החינוך הדתי להדביק את רמת הגמנסיה גם מבחינת רמת למודי החול, וגם מבחינת תפארתה החיצונית המצודדת את העין. הרב צפה בחזונו את כישלון שיטת החינוך של הגמנסיה, המתיימרת לייצג את הלאומיות ומייבשת את "לשד החיים האמיתיים אשר לישראל, ועוגבת לרוח זרים בשפה וסגנון עברי". אולם עד שיתגלה כישלונה ברבים עלולה הגמנסיה להסב נזק חמור. בביקורת על גמנסיה הרצליה יש לראות חלק אינטגרלי מיחסו של הרב ליישוב החדש על כל אגפיו. בסכמו את פרשת חילול שבת וחג במושב הפועלים עין-גנים בשנת תרע"א כרך הרב את גינוי הפועלים עם האשמות חמורות כלפי הגמנסיה אשר שמה לה לחוק גלוי שלא להתחשב כלל עם רגשי האומה, כאילו הייתה הגמנסיה של אומה זרה העומדת בארץ נכרייה". הרב שב ודרש בהזדמנות זאת הפרדה בנים ובנות, והפסקת לימודי היהדות על פי שיטת ביקורת המקרא. בדבריו הזכיר, כי בשנת תרס"ט רצה לקיים מחאה פומבית נגד מוסדות מיסיון בארץ-ישראל, אלא שאז חשב כי צודקים הטוענים: "אם קורא אני לעזרה ולצעקה על דבר צרת החינוך בארץ ישראלי הנני מוכרח לקרוא בקול גדול נגד הגמנסיה . . . כי הלא כאחרונה כן הראשונה, מכלה את רוח חניכה . . . ומי זה יכול להכריע איזה רקב הוא יותר גדול לבית ישראל.

הצגה פומבית של הגמנסיה והמיסיון על מישור אחד מהווה ביטוי ביקורתי נוקב כלפי הגמנסיה. עמדה זאת לא הייתה בגדר גילוי זעם חד פעמי. כעבור מספר חודשים שב הרב והשווה את הגמנסיה למיסיון, ודחה הזמנה ליטול חלק באספת מחאה שארגנה אגודת המורים נגד המיסיון.

את דעותיו הביקורתיות על המיסיון והגמנסיה כאחת השמיע בפומבי באספה שזומנה בבית-הספר "תחכמוני". לעתים ניסה הרב להשפיע על הגמנסיה ע"י פנייה ישירה להנהלתה. לדוגמה, בקשתו מהנהלת "הרצליה" באדר תרע"ג להימנע מחילול שבת בעת טיול תלמידי ביה"ס בירושלים, וכן שלא להיכנס למקום המקדש. הוא ציין, כי הוא שוטח בקשה זאת "למרות כל התהומות המבדילים בין מהלכי הנפש אצלנו".

הגמנסיה ששימשה מקור גאוה לחלק מהיישוב החדש, סימלה בעיני הרב צירוף כל המגמות השליליות שנתגלו בישוב זה. המאבק בגמנסיה היה מלכתחילה דל סיכויים. הניסיון להכות באיבו את החינוך הלאומי חילוני, היה כמוהו כקריאת תגר על עולמם הרעיוני והמעשי של אנשי היישוב החדש החילוניים.

למרות הצער שהסבה הגמנסיה לרב, לא חרגה פעילותו נגדה מעבר לגבול הדק החוצץ בין ביקורת ענינית נוקבה אך מבוקרת, לבין פרץ רגשות אימפולסיבי העלול לדרדר כל עימות לעמדות נוקשות המכבידות על הצדדים היריבים לחזור ולגשר על פני הפערים שנוצרו. עמדה זאת, אשר הציבה סייגים למאבק ביישוב החדש ובמפעלו, היא שהבדילה בין גישתו לחילונים ובין יחס היישוב הישן לחילונים, והיא שתרמה לגיבוש מעמדו המיוחד בקרב הישוב החדש.

התכנית לישיבה המרכזית ביפו
כמשקל נגד לגמנסיה תמך הרב ב"תחכמוני", אולם "תחכמוני" לא היה ה"בלם" היחיד אותו הועיד הרב קוק לעצירת תהליך החילון. שותף בכיר ל"תחכמוני" במשימה זאת, אמור היה לשמש מוסד חינוכי מקורי שאותו יזם הרב וניסה להקים ביפו.

המדובר בישיבה גבוהה בעלת מטרות חינוכיות יחודיות, אשר בהגשמתן תלה הרב תקוות לשיפור מהותי במצבו הרוחני של היישוב החדש. כן ציפה, כי הישיבה החדשה תאציל מרוחה על המתרחש בעולם הישיבות של היישוב הישן.

הרעיון של הקמת ישיבה גדולה בלב היישוב החדש, עשוי היה להוות את גולת הכותרת בפועלו של הרב קוק בארץ ישראל. בחזון הרב נתמזגו במוסד זה מגמות חינוכיות חברתיות ולאומיות, בעלות השפעה מכרעת על עיצוב מחודש של דמות היישוב הישן והחדש כאחד. ההכרה בתפנית ההיסטורית המתחוללת בעם היהודי בכלל ובישוב היהודי בארץ ישראל בפרט, חייבה לדעת הרב חריגה משגרת החינוך התורני המקובל, ויצירת מסגרות חינוכיות המשתלבות בתמורות הרעיוניות והחומריות האקטואליות. בחינת המגוון של זרמי החינוך הקיימים בארץ ישראל שיכנעה את הרב, כי נפקד מקומה של ישיבה גבוהה בעלת צביון לאומי, אשר מסגרת לימודיה אינה מצטמצמת רק בד' אמות של עיון הלכתי. בראשית שנת תרס"ז, כשנתיים וחצי לאחר בואו ארצה, החל בפעילות לקראת הקמת הישיבה. באיגרות למקורביו - רבנים, מנהיגים, אנשי רוח וחינוך - הציג את תכניתו ושאל לחוות דעתם בנדון. באיגרותיו מנה שורה ארוכה של נימוקים המצדיקים את הקמת הישיבה ומבהירים את מגמותיה, להלן העיקרים שבהם.

• ראוי כי במקביל להתפתחות החומרית בו מצוי הישוב, תתרחש צמיחה רוחנית מקורית שתשפיע על עיצוב דמותו של היישוב החדש.

• קיום הישיבה, בה יודגש הנושא הלאומי, יוכיח כי גם חרדים בני ישיבות ארץ ישראל אינם נעדרים רגש לאומי.

• משורות הישיבה תצמח ההנהגה הרוחנית של היישוב החדש.

• תלמידי הישיבה, שיעסקו גם במתן פתרונות לבעיות הלכה אקטואליות. יגבשו בארץ-ישראל ציבור תלמידי חכמים ואנשי מעשה בעלי תרבות ודרך ארץ.

• הישיבה תיתן לאומה את כל מחסורה הרוחני, כולל ספרות ושירה, כדי שבעלי הכשרונות הספרותיים לא יצטמצמו רק בקרב פורקי עול היהדות.

תקוות הרב שהישיבה תגיע להישגים מופלגים הייתה נעוצה בתכנית הלימודים המיוחדת שערך עבור תלמידיה. בהתאם לתכנית זאת תחולק הישיבה למדור גבוה ומדור נמוך. המחלקה התחתונה תשמש מעין בית-מדרש למורים והעליונה תהיה הישיבה עצמה. בישיבה יעסקו רק בלימוד תורה אבל תורה בכל עושרה ותפארתה, שפירושה בנוסף לכל הלימודים הישיבתיים המקובלים גם לימודי פילוסופיה יהודית, קבלה, אגדה, מדרש, מוסר וכן כל צדדי החקירה של המדע ההיסטורי. בעיקר הדגיש הרב את לימוד עמקי הקבלה והסוד לכל פרטיהם, כי "מובטחים אנו שזה יביא לגאולה שלמה". המחלקות התחתונות בישיבה תהיינה כפרוזדורים, והמעולים שבתלמידיהן יעלו למחלקה העליונה. לא ברור מה טיב הקשר הארגוני בין שני חלקי הישיבה, אולם ברור כי מבחינה עניינית אמורות היו המחלקות התחתונות לשמש כמעין מכינה לישיבה. מלבד היותה גורם מסייע לישיבה הגדולה, נועדה למחלקה התחתונה תכלית בפני עצמה. תכנית הלימודים במחלקה זאת תכלול לימודים תורניים בצד לימוד מדעים כלליים. לימודי החול יכללו גם שפות זרות "מערביות ומזרחיות". הרב ראה תועלת ממשית בלימור ערבית ותורכית, שכן לתלמידי חכמים משכילים השולטים בשפות אלו, יהיה סיכוי לזכות במשרות ממלכתיות רמות, וע"י כך ישופר מצבם של כלל ישראל בארץ ישראל. לדברי הרב אין בוגרי הישיבה חייבים להיות דווקא רבנים; אדרבא במשך שנות לימודם בישיבה ילמדו התלמידים "חלק הגון מידיעות שימושיות" ובעלי הנטייה למלאכה יעסקו מספר שעות ביום בלימוד מקצוע בבית מלאכה. כך תעמיד הישיבה "גדולי תורה שהם בעלי אומנות המתפרנסים מיגיע כפיהם, והתורה תילמד "דווקא לשמה". הבדל נוסף בין ישיבה זאת ליתר הישיבות הוא בצד האסטטי. כל הסדרים החיצוניים של הישיבה החל מבניין הישיבה ועד תלבושת התלמידים ונימוסיהם "צריכים שיהיו עשויים בטעם טוב".

מיקומה של הישיבה ביפו קשור בסיבות מהותיות, הנובעות מאופי הישיבה ומסיכויי קליטתה והשפעתה בקרב היישוב החדש. לא רצוי להקים את הישיבה בירושלים מהנימוקים הבאים:

• בירושלים לא בולטת התמוטטות היהדות הנאמנה כפי שהיא בולטת ביישוב החדש.

• "טיפוס" בן הישיבה הירושלמי לא ניתן לעיצוב מחודש, אלא אם ייעשה הדבר תוך פגיעה בנושאים יסודיים וחיוניים ליישוב הישן, או בתהליך הדרגתי, איטי ביותר. משתי האפשרויות הנ"ל רצה הרב להימנע.

• בירושלים עלולה להיווצר תחרות בין המוסד החדש לישיבות הישנות, עובדה שלא תוסיף לשלום הבית בירושלים.

• ישיבות ירושלים טעונות תיקונים, אלא שהשינוי חייב להתחולל ראשית ביפו, ואם יצליח - השפעתו תעבור לירושלים. אין סיכוי שאנשי היישוב הישן יתייחסו בחיוב לרעיון הישיבה, לפני שיחזו בעליל בתועלת שניתן להפיק מהישיבה החדשה.

• ביפו יתאפשר לתלמידי הישיבה לחוש בדופק החיים של היישוב החדש, עובדה שתקל על התאקלמותם והשפעתם של התלמידים בתוך יישוב זה.

הרב שהיטיב לדעת כי רעיונותיו עלולים להיתקל בהתנגדות אנשי היישוב ישן, שטח את הצעותיו בעיקר בפני מנהיגים ורבנים מחו"ל. גם בין האחרונים נמצאו שביקרו את תכניתו. לרב י. אייזיק הלוי, "בעל דורות ראשונים", שלא התלהב מתכנית הלימודים המוצעת, הבהיר הרב, כי הישיבות הנשענות רק על "פלפול ובקיאות לא תוכלנה לעמוד בפני זרם ההרס". לטענת הרב הלוי, כי ישיבת יפו תפגע במעמד ישיבות ירושלים מאחר ובני ירושלים יבואו ללמוד ביפו, מתוך תקווה לזכות במשרת רבנות במושבות, השיב הרב כי משרת הרבנות במושבות אינה בגדר פיתוי כלכלי; וכי סך הכל מדובר במספר מצומצם של מושבות, על כן אין מקום לחשש כי מעמד ישיבות ירושלים ייפגע עקב ייסוד הישיבה ביפו. לדעת הרב אייזיק הלוי ראוי היה להפריד בין שאלת הרבנות ובין נושא הישיבה החדשה. הוא לא ראה בישיבת הרב פתרון לבעיות בוערות של הרבנות ביישוב החדש. עד שתעמיד הישיבה בוגרים הראויים לרבנות יחלוף זמן רב ובינתיים עוברת על המושבות תקופת מעבר קריטית ללא רבנים. גם על עצם תכנית הלימודים חלק הרב אייזיק הלוי; לדעתו אין הישיבה מקום מתאים ללמוד אגדות ומדרשות, נגלה ונסתר.

למעשה לא שימשה תכנית הישיבה מוקד לעימות עם אנשי היישוב הישן ואוהדיו. נראה כי אחת הסיבות לכך היתה שבפועל ניכר רישומה של הישיבה אך במעט. מספר תלמידי הישיבה נע סביב עשרה. התפתחותה הייתה תלויה בשעור הכספים שיצליח הרב לגייס, ועל פי עדות עצמו אין הוא "מומחה" לזה כלל .

בשנת תרס"ט הודיע הרב באיגרת לאחיו, כי רעיון הישיבה התחיל להתממש. בישיבה למדו אז מעט בחורים "הגונים בכישרונות לא רעים" שבאו מירושלים, ואליהם נוספו כמה צעירים מיפו. הרב היה מרוצה מרמת תלמידיו, ועל פי בחינה שערך להם כתב לרב אייזיק הלוי, כי הוא "ראה בהם סימן ברכה".

על סגל המורים בישיבה נמנו הרב עצמו, וכן הרבנים זלמן שך ושם טוב גפן. כדי לקדם את הגשמת רעיונותיו המליץ הרב על הקמת אגודה מיוחדת בשם "לחיזוק היהדות הנאמנה לה' ותורתו ביישוב החדש בארץ ישראל", וכן לכונן לאגודה מרכז באחת הערים החשובות בגולה. אגודה זאת תישא באחריות לפעילות החומרית למען הישיבה, ולצורכי תעמולה תוציא בטאון מיוחד שיעורר את הציבור לתמיכה בישיבה. הרב, שסבר כי מימושם של רעיונות אלו קרוב, הציע כי שפת הביטאון תיקבע על פי התועלת העתידה לצמוח ממידת תפוצתו של העיתון. רעיון נוסף שהגה הרב לצורך ביסוסה הכלכלי של הישיבה היה עריכת הגרלה למען הישיבה. הוא הדגיש, כי בהשגת הכספים לישיבה יש להישמר. מפגיעה בהכנסותיהם של מוסדות חינוך אחרים, כגון בית ספר שערי-תורה ביפו. אמנם, כאמור, הייתה הישיבה מצומצמת ביותר מבחינת מספר תלמידיה, אך למרות זאת הסבה לרב קורת רוח מרובה.

עידוד שאב הרב מן הידיעה, כי תלמידים מעולים מחו"ל, בהם מבני עשירי אשכנז, עתידים לעלות לארץ ישראל וללמוד בישיבה.

מחמת פרק הזמן הקצר בו פעלה הישיבה (תרס"ט-תרע"ד) ועקב העובדה כי מוסד זה היה אך בראשית דרכו, לא ניכר רישומה של הישיבה על סביבתה. הישיבה ניסתה להוסיף מימד רוחני-חינוכי חדש בנוף היישוב הישן והחדש כאחד. אם לשפוט על פי עדות הרב, הרי שתקופת הבראשית של הישיבה הייתה מעודדת. עצם העלאת ויישום רעיון הישיבה ע"י הרב היו בגדר העזה. לראשונה קמה ביישוב, ישיבה גבוהה ברוח לאומית; ישיבה שפרצה מעבר למסגרות הלימוד השגרתיות. בנושא הישיבה גילה הרב נחישות החלטה, התמדה ויזמה, ובכך הניח בסיס לזרם ישיבתי חדש ביישוב, אשר הגיע לשלבי התפתחות עם ייסוד ישיבת "מרכז הרב" בירושלים לאחר שובו של הרב ארצה.

תלמודי תורה
הגמנסיה והישיבה היו שני קטבים בעולם החינוך הארצ-ישראלי דאז. בין שלילתה המוחלטת של הראשונה לחיובה הנלהב של השנייה התייחס הרב למוסדות נוספים שפעלו ביישוב הישן והחדש. הדברים הבאים יוקדשו לתיאור גישתו של הרב כלפי תלמודי-התורה.

תלמוד תורה - המוסד החינוכי המקובל על היישוב הישן - היה עדיין פופולרי בקרב חלק ניכר מאנשי הישוב החדש, ושלוחותיו התפרשו על פני ערי היישוב החדש ומושבותיו. התמורות שהתחוללו בתחום החינוך ביישוב הישן והחדש נתנו אותותיהם גם בחלק ממוסדות התלמוד-תורה. אלו לא היוו יותר חטיבה הומוגנית, וניתן להבחין ביניהם בגוונים שונים, בגישה להכללת לימודי חול בתכנית הלימודים. הרב שהיה ער למציאות המתחדשת, הבהיר בסקירתו על כלל מערכת החינוך בארץ-ישראל. כי דבריו על תלמודי-תורה אינם משקפים התייחסות ספציפית למוסד זה או אחר, אלא הם ניסיון לאפיון כללי של רשת הת"ת. החיוב הגדול במוסדות אלו נעוץ לדעתו בעובדה, כי "בהם הננו בטוחים, שיהודים הם מגדלים לנו". אולם, הת"ת אינו נקי מחסרונות שהכרח לתקנם, לדוגמה: מרבית המורים הם בני-תורה מהדור הישן, ורק בודדים מהם בעלי דרגה מסוימת של השכלה כללית. בדרך כלל נעדרים הת"ת סדרים חיצוניים נאותים, נקיון, תלבושת ונימוסים. נוסף על כך קיימות בעיות מהותיות בתחום הדידקטיקה והמתודיקה של הוראת לימודי קודש, ואפשרות שילובם בקורטוב לימודי חול. הרב המליץ על שינוי תכנית הלימודים בת"ת, כדי שבוגרי מוסד זה יהיו "אנשים בעלי צורה, בני תורה ויראת ה' . . . "אנשים שיוכלו לקחת חלק בכל דבר טוב, בכל שכלול וכל כבוד של ישראל ושל ארץ-ישראל".

מכאן שלמרות החיוב היסודי שראה בת"ת, סבר הרב כי אין הציבור המתחנך בין כותלי מוסד זה מפיק את התועלת האופטימלית שניתן היה למצות ממנו, לו באו על תיקונם הפגמים הקיימים בו. האיסורים החמורים שהוטלו בעבר ע"י רבני ירושלים על כל חידוש בתחום החינוך, והמחלוקות שהתפתחו על רקע זה, היקשו על תמיכה חד-משמעית של הרב ב"חדרים מתוקנים", ועל כן לא יזם את הקמתם, אולם בדיעבד לא הביע התנגדות לפעולתם. לדבריו הוא "מעלים עין מאותם שייסדו חדר מיוחד, ולקחו מורים ללימוד לשון ומדע הנחוצים . . . אע"פ שהוא הרבה נגד השיטה הקובעת לחוש לאסור החכמים הראשונים. לאותם ת"ת העתידים להורות שפות המליץ הרב למנות מורים שהם מחניכי היראים בגרמניה, מפני שבארץ-ישראל קשה למצוא מורים לשפות שהם יראי-שמים. מבין החדרים שפעלו ביישוב החדש זכה הת"ת היפואי "שערי תורה" לטיפולו האינטנסיבי של הרב, אשר פרש חסותו על המוסד מיד עם בואו ארצה. בת"ת זה לא נקבע דבר לתחום האדמיניסטרטיבי או החינוכי ללא ידיעת הרב ואישורו. פטרנותו על המוסד גרמה לכך, כי מדי פעם הופנו כלפיו הערות ביקורתיות; בעיקר שעה שהיה נראה כי ירדה רמת המוסד.

אחת התגובות הנזעמות של הרב בנושא החינוך קשורה בביקורת שהוטחה כלפי המוסד ע"י הרב מימון. הרב ביקש מהרב מימון לנקוט על פי הכלל "שעלינו רק לבנות ולא לסתור, להוסיף ולא לגרוע". חלילה למזרחי לפגוע במוסדות הת"ת, כי אין בכל מוסדות החינוך החדשים למלא את החלל העלול להיווצר ע"י היעדר מוסדות ת"ת.

אין ספק, כי בסולם העדיפויות החינוכי העניק הרב למוסדות הת"ת מעמד בכורה על פני כל מוסדות החינוך ששילבו במסגרתם לימודי חול וקודש. עם זאת הכיר בנחיצות בתי"ס בהם לומדים גם לימודי חול, וכן הודה כי הת"ת היפואי אינו כליל השלמות. מפנה חיובי בת"ת "שערי תורה", אשר שימש מקור סיפוק לרב היה ייסוד בית-המלאכה שנפתח כמחלקה במסגרת הת"ת. בדבריו על יעודי החינוך ביישוב החדש אמר הרב, כי לצד כל תלמודי התורה והישיבות ראוי להקיף בתי מלאכה. עם התפתחות המוסד והגידול במספר תלמידיו, המליץ הרב על מציאת מנהל מתאים שישגיח על החניכים לימודיהם ונימוסיהם, ואילו הוא עצמו נאות להמשיך ולפקח על המתרחש בין כותלי הת"ת. ביסוד דאגתו לת"ת עמדה שאיפתו המרכזית כי הנוער הגדל בארץ ישראל יישאר חרדי. על רקע זה תובן חרדתו ותגובתו, שעה ששמע כי סכנת סגירה מאיימת על הת"ת בחיפה. הוא הציע דרכים שונות לפתרון המשבר הכספי בו היה שרוי המוסד. נראה כי התערבותו הועילה, ונמנעה סגירתו המידית. הרב גילה התענינות גם במוסדות החינוך שמחוץ לתחום היישוב החדש, אך נמנע מלהתערב בפועל במתרחש בין כותלי מוסדות החינוך של היישוב הישן.

סיכום
השקפת הרב על ערכו המכריע של החינוך הביאה למעורבותו המקיפה והמעמיקה בנושא זה, בו השקיע מאמצים אינטנסיביים ביותר, מתוך תקווה לחולל בישוב תמורות מפליגות לטובה. לעומת נושאים שונים בהם נקט הרב עמדה פסיבית, הוא הציג בנושא החינוך יזמות מקוריות ופעל להגשמתן. לא כל מאמציו הוכתרו בהצלחה, קשיים אובייקטיביים שנבעו מפיצול בדעות ובאמונות בישוב, בעיות כספיות מתמידות וחבלי בראשית של כלל מערכת החינוך בישוב החדש מנעו הישגים מידיים. העמדות העקרוניות שנקט הרב ביחס ללימודי קודש וחול אומצו במשך הזמן בוריאציות שעות ע"י הציבור הדתי-לאומי. מאמצי הרב לבלום את תהליך החילון בחינוך לא נשאו פרי, אך האלטרנטיבה החינוכית הדתית-לאומית, שזכתה לתמיכתו מנעה קיטוב מוחלט בחינוך, בין זרם דתי קנאי מחד-גיסא לבין זרם חילוני אנטי דתי מאידך גיסא.