במסתו "תולדות רבנו אברהם בן הרמב"ם", כותב ר' מרגליות אודות רבנו אברהם בן הרמב"ם שהיה כוכב זוהר איש האשכולות, גבר בכל, בתורה ובמדעים כלליים, ומצויין במידות תרומיות. רבנו אברהם נולד לאביו לעת זקנתו, ביום כ"ח סיון שנת ד' אלפים תתקמ"ו בפוסטאט שבמצרים. כבר בימי עלומיו ניכר בכשרונותיו המפליאים ובמידותיו התרומיות. הרמב"ם כתב לתלמידו יוסף אבן ועקנין אודות בנו: "זה בני אברהם השם יתברך נתן לו חן וברכה, מברכת מי שנקרא על שמו, ומי שהאמין בשמו והאמין בנתינתו, הוא יאמיץ ויתמיד, ויאריך חייו ושנותיו כי הוא ענו ושפל שבאנשים, מצורף אל זה טוב מידותיו, והוא בעל שכל דק וטבע נאה, ויהי לו בעז"ה שם בגדולים ללא ספק..." עלם צעיר זה נעשה לאיש סודו של אביו הגדול, לפניו גילה את כל לבו במחקרי יסודי היהדות, מחקרים שלא חפץ לגלות גם לתלמידיו המובהקים או להעלות על ספר. עוד בחיי אביו נתכנה בנו: "השר האדיר האיתן בישראל". לאחר מות הרמב"ם, כשהוא עדיין צעיר לימים אך ישיש בחכמה; נחל רבנו אברהם את כבוד אביו הגדול. יחד עם משרת נגיד מילא מקום אביו בתור רופא השולטן.

ר' יהודה אלחריזי שבנדודיו הגיע למצרים, כותב על רבנו אברהם: "ושם הבדולח ואבן השהם הוא החכם רבי אברהם בן רבנו משה בן מיימון זצ"ל, קטון בשניו וגדול בענייניו, צעיר לימים מסכל חכמים".

כמוהו יתר גדולי הדור השכימו לפתחו, ורבותינו חכמי צרפת מבעלי התוספות שעלו לא"י בשנת תתקע"א בהיות רבנו כבן 25 עברו דרך מצרים כדי לראות את פניו, רבנו אברהם חיבר ספר "המספיק לעובדי השם", חיבור גדול בהלכות הנוגעות בזמן הזה, ובו השקפותיו במידות ודעות, והלך נפשו בחקר יסודי התורה שבכתב ושבע"פ.

ר' אברהם נחלץ להגן על אביו הרמב"ם מפני מתנגדיו. ר' דניאל הבבלי, תלמידו של ר' שמואל בן עלי ראש ישיבת בגדד, כתב השגות על "משנה תורה" ועל "ספר המצוות", ושלחן לר' אברהם, שהשיב על השגותיו, לאחר שניתרגם ספר "מורה נבוכים" לרומית, חששו הכמרים שספר זה יחתור תחת יסודות אמונתם, וצוו להחרים את ספרי המורה אשר בבתי ישראל ולשרפם. לשמע מעשה זה יצא ר' אברהם להגן על כבוד אביו, כשראה ששם שמים מתחלל למסור ספרי ישראל למשפט הכמרים. לשם כך כתב את מחברתו "מלחמות ה'".

ר' אברהם כתב ספר בערבית על סדר התורה שקראו "כתאב אל חאוץ", שלצד ביאורים מקוריים יש בו מדברי קדמונים, מפירושי ר' סעדיה גאון, רב האי גאון, רב שמואל בן חפני ראש ישיבת סורא. כן הוא מביא מפירושי ר' אברהם אבן עזרא ובשם ר' שלמה הצרפתי הוא רש"י. פירושו לבראשית ושמות יצא לאור מתוך כת"י יחיד בודליאן 661, על ידי ס. ששון, ירושלים תשד"מ. רבנו אברהם מביא פירושים מאבי אביו ר' מיימון בר' יוסף, ומפירושי אביו למקרא. לעתים הוא מקבל את פירושי קודמיו, ויש שהוא דוחה אותם. כדי לבאר פשוטו של מקרא השתמש בסגולת השפה הערבית, ובהשוואה לשפה העברית. כן הוא נותן דעתו לפסוקים שבהם פקדו המינים והסבירום לפי גישת הנצרות. לא ידוע לנו אם השלים רבנו אברהם את כתיבת ספרו. רבנו אברהם לא האריך ימים ונפטר בגיל 51 בשנת תתקצ"ח.

רבנו אברהם נגש לכתיבת פירושו לתורה מתוך תחושה של שליחות מהולה ביראת הרוממות. פעמים אחדות בחיבורו הוא מעיר הערות השופכות אור על חששו הגדול האם קולע הוא למטרה בביאורים ושמא חלילה הוא מחטיא את הכוונה האמיתית: "הנה מי שברא אותנו בעלי שכל לדעת בו את האמת, יודע את אימתי מפירוש פסוק זה, שיש בו סודות ורמזים מכמה פנים. אחת מהן יראתי שמא יהי מאמרי בלתי מתאים עם העניין כמו שהוא, וכל שכן אם יהיה בו קושי או ניגוד. ושנית שמא אהיה במאמרי, גם אם הוא מתאים, מגלה סודות נשגבים שאין נכון לגלותם למי שאינו ראוי שיהיו נגלים לו. והוא יתעלה יכפר בעד זה כי הוא המכיר את סתרי הלב ויודע שאין חפצי בזה להעז ולהרוס, ולא להתיהד בזה, אלא ללמד דעת ליראי ה'... והמתבונן בדברי זה, ירבה לסלוח לי על אריכות זו כי אני גדול פחדי בזה ממנו יתעלה". בדונו בפרשת אלופי עשו (בראשית לו), מציין רבנו אברהם את חוסר ידיעתנו בהבנת השאלה מדוע האריכה התורה בפרשה זו: "ואפשר כי בהזכרת זה וזולתו מכל מה שהזכיר, יהיה מה שהבנתו רחוקה משכלנו הקצר, ואין (לנו) אלא להתחנן אליו ישתבח ויתעלה על העזרה להבין את סודות תורתו ונפלאותיה, כמו שהתפלל נביאו "גל עיני ואביטה נפלאות מתורתך" (תהלים קיט, ח). כאשר נראה לרבנו אברהם שהשיג את האמת בביאור כתוב מסויים, הוא מודה על כך בדברי תודה חמים: "וישתבח מי שהדריך אותנו בדרך האמת אל כל טעם נכון ודק, אשר השגת תכליתו נפלאה משכלנו, בפתחו לנו שער במה שכתוב בתורתו".
פרשני המקרא ראשונים ואחרונים, מתייחסים אל המקרא כולו כאל יחידה אחת כוללת, כיון שכל דברי התורה ניתנו מרועה אחד; לא יתכן שתימצא בהם סתירה, ודברי תורה נלמדים על פי המידה: "מדבר שאינו מפורש במקומו ומתפרש במקום אחר".

בפירושו לבראשית א, כו "נעשה אדם", מעורר רבנו אברהם בעיה שהעסיקה את הפרשנים: "משמעו הפשוט של פסוק זה מתנגד לעיקרי הדת, ומפני זה עלינו החיוב לפרשו כמו שיתפרשו שאר הכתובים המורים אל הגשמות וכיוצא בה. וזה שבפשוטו שני דברים קשים, וכבר דיבר כל אחד מנכבדי אומתנו בביאורם, שהם לשונות מושאלים. אחד מאותם שני הדברים - מאמרו יתעלה "נעשה" בלשון רבים, והוא יתעלה הבורא, אפס זולתו ואין שותף לו. והדבר השני מאמרו "בצלמנו כדמותנו", שיובן משמעו הפשוט שהרמז אל תמונה וצורה, והוא יתעלה נעלה מן הגשמיות, ולכן אי אפשר שתהיה תמונה או צורה". לאמור - ההיגד "נעשה אדם בצלמנו כדמותנו", מעורר בעיה תיאולוגית, שכן "נעשה" בלשון רבים מעורר תמיהה, הרי הבורא הוא אחד ואין לו שותף. ואילו "בצלמנו כדמותנו" רומז אל צלם ודמות, דבר שלא יתואר ביחס אל הבורא. רבנו אברהם פותר את הקשיים תוך עיון בהמשך הפרשה. הרי נאמר בהמשך "ויברא אלוקים את האדם בצלמו" (שם כז), בלשון יחיד, דבר המסיר את הבעיה של "נעשה" בלשון רבים. ועוד, כיון שנאמר "ויברא... בצלמו בצלם אלוקים ברא אותו", ולא נאמר "בצלמו כדמותו", יש ללמוד מכאן שהביטוי "כדמותנו" בא על דרך ההשאלה. דומה שרבנו אברהם הולך כאן בדרכו של אביו הרמב"ם ב"מורה נבוכים", שפירש את המונחים "צלם" ו"דמות". לדעת הרמב"ם: "אמנם "צלם" הוא נופל על הצורה הטבעית, ר"ל על העניין אשר בו נתעצם הדבר והיה מה שהוא..." כלומר הביטוי "צלם" איננו קשור לחומר עצמו אלא ל"צורה" הנותנת לחומר את צורתו ומבנהו, דבר שבעבורו החומר נעשה בעל מהות המסויימת. לפיכך אין לחשוש כאן להגשמה. הוא הדין לביטוי "דמות" שלדעת הרמב"ם הוא שם משורש דמ"ה. הרמב"ם מצטט את הפסוק "דמיתי לקאת מדבר" (תהלים קב, ז), ואומר: "לא שדמה לכנפיה ונוצתה, אבל דמה אבלו לאבלה", כלומר דמיון רוחני לא גשמי. בסיכום אומר הרמב"ם ש"נעשה אדם בצלמנו" - הצורה המינית אשר היא ההשגה השכלית, לא התמונה והתואר". רבנו אברהם מוסיף לבאר באמרו: "ומפני זה נשמט (לשון "דמות") בפסוק השני (כז), ואמר ה' יתעלה בפסוק אחר "זה ספר תולדות אדם בדמות אלוקים עשה אותו" (ה, א). הרי זה הזכיר בפסוק זה "דמות" שהשמיט במאמר "ויברא אלוקים את האדם בצלמו" (כז), והשמיט גם זכרון "צלם". ובכן זה מורה על השאלת שניהם: צלם ודמות, לאיזה טעם שהרי אילו היה אחד מהם אמיתי, לא היה נשמט באחד משני הפסוקים. ואילו היו שניהם לפי אמיתת משמעותם, לא היו שניהם נשמטים באחד משני הפסוקים". כלומר, לו היו הביטויים "צלם" ו"דמות" בפסוק מכוונים לפשטם כמשמעם, לא היה הכתוב משמיט כל אחד מהם בפסוק אחר. מכאן הוכחה שהם מושאלים. רבנו אברהם השכיל אפוא, לשלב בפירושו לפסוק עיון בפשט הכתובים עם דיון פילוסופי, כששניהם משמשים אותו להוכחת דעתו ש"צלם" ו"דמות" אינם מכוונים למשהו גשמי, אלא לישות שכלית רוחנית.
רבנו אברהם נותן דעתו ליחסי פשט ודרש, אולם במידה מועטת מכדי שניתן יהיה לגבש עמדה ברורה ביחס לעמדתו כלפי פשט ודרש. עם זאת, מהדוגמאות המעטות ניתן לעמוד על מגמתו. רבנו אברהם מעדיף את פירוש הפשט, שהוא לפי דרכו, פירוש פשוטו כמשמעו, פירוש המסתמך על לשון הכתובים, פירוש המביא בחשבון את ההקשר כולו ופירוש המסתמך על אטימולוגיה של מלים ועל המבנה הספרותי.

הביטוי "לעבדה ולשמרה" (בראשית ב, טו); מתפרש על ידי התרגום המיוחס ליונתן בן עוזיאל לעבוד בתורה ולשמור מצוותיה. בב"ר טז, ט מתפרש הביטוי ביחס לעבודת הקרבנות, ואילו ראב"ע מפרש שהכוונה לעבודה בגן שמפריו יאכל, להשקות את הגן ולשמרה מכל החיות, שלא יכנסו שם ויטנפוהו. לתיבות "לעבדה ולשמרה", אומר רבנו אברהם: "קשה לפי הפשט, אשרי היודע אם גן עדן דוגמאת פרדסים אלה (שלנו) היתה צריכה שישקה אותה אדם ויטפל בשתילת וזירוז נטיעותיה וכד' כדי שיאמר "לעבדה". ועוד יותר נפלא מזה שאמר "לשמרה", הלואי וידעתי (לשמרה) ממי...". רבנו אברהם יוצא מתוך הנחה שהתיבות "לעבדה ולשמרה", מתפרשות פשוטן כמשמען - עבודה בגן ושמירה ממזיקים. לאור זאת, הוא מקשה היתכן שהנטיעות בגן עדן היו זקוקות לעבודה חקלאית כפרדסים שלנו? היתכן שהיה צורך לשמור עליהם, אם כן ממי. רבנו אברהם ממשיך לבאר: "ואם לקחנו "גן עדן" לטעם זולת הפשט, ובכן יהיה הטעם ב"ויקח" ... "ויניחהו בגן עדן".. הדרכתו והשגתו לשלמות שלא היתה בו בתחילת בריאתו, עד שהשיג אותה בהתקינו את עצמו לה. ומאמרו "לעבדה", רמז שצריך האדם להיות מטופל בהשגת אותו הענין, ואם לא יושפל ממנה. ו"לשמרה", רמז שישמור מה שהשיג ויהיה לו לתריס בפני המקרים המשנים אותו לרעה". כלומר, אם נפרש את הפסוק שלא על דרך הפשט, תהיה הכוונה שהאדם צריך לעבוד על עצמו כדי להגיע לשלמות, ולשמור על עצמו מרעות. הפעלים עב"ד ושמ"ר במקרא, משמעם עבודת כפים, כגון: "וישלחהו ה' אלוקים מגן עדן לעבוד את האדמה" (בראשית ג, כג), "עובד אדמתו ישבע לחם" (משלי יב, יא), וכן שמירה מנזק, כגון: "כי יתן איש אל רעהו חמור או שור או שה וכל בהמה לשמור" (שמות כב, ט). או שמירת המצוות, כגון: "ושמרת את מצוות ה' אלוקיך" (דברים ח, ו). לפיכך רבנו אברהם מפרש זאת כפשט, בעוד שלפירוש לעבוד על עצמו ולשמור את עצמו מרעה, אין סימוכין בלשון המקרא.

"על חלומותיו ועל דבריו" (בראשית לז, ח). "על שהיה שונה אותו ומספר בו אשר מורה שהוא מצפה לפירושו. זה הוא פשט המקרא, והפירוש "ועל דבריו" - הוא על שהביא דבתם, אינו הפשט. ואילו היו אומרים ב"ועל דבריו" - על מצבו, כלומר על אהבת אביו לו ובחירתו בו, היה קרוב יותר, אבל קרוב משניהם הוא על ששנה את החלום". לדעת רבנו אברהם הפירוש "ועל דבריו" - על דברי הדבה שהביא, איננו הפשט. סיפור הדבה כתוב בראשית הפרק. הוא מרוחק מפסוקנו, ובין שניהם כתובים עוד עניינים אחרים. הפשט ב"ועל דבריו", הוא לדעתו, על דברי החלום. מדוע פירוש זה נחשב כפשט? הפסוק קושר את סיבת השנאה בחלומותיו ובדבריו, כלומר סומך את דבריו לחלומותיו. שני ההיגדים הללו הסמוכים זה לזה, צריכים להיות סמוכים גם עניינית.

רבנו אברהם מצטט פעמים אחדות בחיבורו ממדרשי חז"ל, מהם כאלה אותם הוא משבח, ואחרים - אותם הוא דוחה. קנה המידה לקבלת מדרשי חז"ל או הסתייגות מהם, נעוץ בהיותם תואמים את לשון הכתוב או רחוקים ממנה.

"ותבאש הארץ" (שמות ח, י). "ומה מתוק מאמר הדרש שהצפרדעים שאין הנאה בפגריהם נשארו אצלם מתים, מסריחים את הארץ ומפסידים את האויר ומולידים את הדבר או את שאר החלאים. מכה בתוך מכה. והערוב שיש הנאה בפגריהם ובעורותיהם יצאו מאצלם, וזו מתיקות בדרש". כוונתו של רבנו אברהם לדברי חז"ל בתנחומא וארא יד. הוא משבח את מתיקותו של מדרש זה, בהיותו תואם את לשון הכתובים. בסיום מכת הצפרדעים נאמר: "וימותו הצפרדעים מן הבתים מן החצרות ומן השדות, ויצברו אותם חמרים חמרים" (שם י). ואילו בסיומה של מכת הערוב כתוב: "ויסר הערוב מפרעה מעבדיו ומעמו לא נשאר אחד" (שם, כז). לאמור - שהצפרדעים שאין הנאה בפגריהם נשארו במקום וגרמו לסרחון, ובכך נוספה למצרים מכה על מכה. בעוד שהערוב שניתן היה לנצל את פגרי החיות לבשרם ועורותיהם, החיות נעלמו כדי שלא יהנו המצרים מהם.

וראה עוד בפירושו לשמות טו, טז "מקדש ה' כוננו ידיך".

"ויאהב יצחק את עשו" (בראשית כה, כח). "כמו שביאר המתרגם "ארי מדידיה הוא אכיל", והחכמים גם כן אמרו כך בבראשית רבה. ומה מתוק מאמר קצת הדרשות שהכינוי "בפיו" חוזר על עשו, כלומר שהוא היה צד אהבת יצחק במה שהיה מראה לו בדבריו המורים על שמירתו את דרך ה'. וזה תאור טבע נפלא מתוק בטעמו, ואע"פ שאין זו כוונת המקרא". רבנו אברהם מהלל את מדרש חז"ל המייחס את כינוי הגוף "בפיו" אל עשו. כלומר ציד בפיו של עשו, שהיה צד את אביו בפיו בהעמידו פני צדיק. רבנו אברהם מציין עוד שדברי המדרש מתקו לו. אם זאת, לצד התפעלותו, הוא מוצא מקום לציין שאין זו כוונת המקרא. בכל המקרא הביטוי "ציד" מכוון לצדי חיות. השימוש בתיבה "ציד" במשמעות הערמה על אדם איננו מקובל במקרא. לפיכך, הגם שרבנו אברהם נהנה מדברי המדרש שדבריו מתקו לו, אין הוא יכול לקבלם כפירוש הפסוק. יצויין שרבנו אברהם מביא בפירושו שני ביאורים. האחד כדעת המתרגם "ארי מדידיה הוה אכיל", לפיו חוזר הביטוי "ציד בפיו" אל יצחק, ומשמעות "ציד", הוא ציד חיות. על פירוש זה אומר הרשב"ם "פשוטו כתרגומו". לפירוש זה יש סימוכין בדברי חז"ל בב"ר שאמרו: "קופרא טבא לפומיה". פירוש שני המובא על ידי רבנו אברהם, אשר למרות מתיקותו הוא מסתייג ממנו, הוא הפירוש לפיו "ציד בפיו" חוזר אל עשו. אף פירוש זה מובא בב"ר "צד את הבריות בפיו". אין רבנו אברהם מבאר מדוע דברי חז"ל אלו אינם לרוחו. אולם נראה כי הסיבה נעוצה בכך שדברי המדרש רחוקים מן הפשט כפי שהסברנו.

"ויבא עשו מן השדה והוא עיף" (בראשית כה, כט). "מרוחק הדרך וגודל הדרך בציד. ואפשר שכבר היה לו זמן רב משאכל. והדרש שהרג את הנפש, הוא מעין הדרש של בא על נערה המאורשה. הם מאמרים אשר בהם יופי של שיר ומליצה לאומריהם, והם נעימים או מחוורים לעוסקים במדרשים כאלה, אבל אינם מוכרחים ולא קרובים לבעלי המופת על האמת". עשו היה אפוא, עיף מטורח הדרך ומהעובדה שלא אכל זמן רב. מדרש חז"ל המצויין על ידי המחבר כ"מאמרים אשר בהם יופי של שיר ומליצה לאומריהם", בנוי על כעין גזירה שווה: "בא על נערה המאורשה, כתיב הכא "ויבוא עשו מן השדה", וכתיב התם "כי בשדה מצאה" (דברים כב, כז). הרג את הנפש כתיב הכא "עיף", וכתיב התם "אוי נא לי כי עיפה נפשי להורגים" (ירמיהו ד, לא). רבינו אברהם מציין עוד, שהם "נעימים או מחוורים" לעוסקים במדרשים כאלה אבל אינם מוכרחים". לאמור - הגם שמדרשים אלה יפים ונעימים ומושכים הלב, אין הם מבוססים על דברי הכתוב, לפיכך רבינו אברהם מצטטם בגלל חשיבותם אולם קשה לו לקבלם כפירוש לפסוק.

"עשר אעשרנו לך" (בראשית כב, כח). "ומאמר החכמים ז"ל שהוא הפריש מעשר אפילו מן הבנים והוא לוי ע"ה, לפי שהבנים בהוספת אפרים ומנשה ארבעה עשר, וראובן ויוסף ודן וגד בכורות, ונשארו עשרה. ובכן לוי המעשר מהם, הוא מאמר נעים ונפלא ויפה, אע"פ שאינו כוונת המקרא ולא מגמתו". הסתייגותו של המחבר מהמדרש, תובן למקרא פירוש ראב"ע האומר: "ולהיות לוי עשירי דרך דרש, כי אין בתורה שיתן האדם מעשר בניו, רק מעשר בקר וצאן ותבואה".

"ויראה יהודה" (בראשית לח, טו). "אפשר שהיה אז דרך הקדשות לכסות את פניהן, כמו שאמר בן חפני ז"ל. (ומאמר חכמים) ז"ל כי כסתה פניה בבית אביה, "דרש יפה רחוק מן הפשט", וזה מורה כי כסתה פניה בצעיף אפילו בשעת הביאה, ובזה הגדולה שבראיות על זהירותה ובושת פניה, וצניעותו של יהודה ע"ה, ועל שלא היה להוט בזה, ונטה מתאוות התענוג ונצטמצם לסלק את המקרה". רבנו אברהם מטעים שמדרש חז"ל הוא "דרש יפה רחוק מן הפשט". הפסוק מציין "ויראה יהודה ויחשבה לזונה כי כסתה פניה". יהודה חשבה לזונה כי כסתה פניה בשעת המפגש אתו, כשישבה בפתח עינים. כסוי העינים היא הסיבה לטעותו של יהודה. הסבר המדרש שכסתה פניה בבית אביה, מעיד אמנם על צניעותה של תמר, אבל אין לו סימוכין בלשון המקרא.

"ושמרתם את המצות" (שמות יב, יז). "פשטיה דקרא צוה לשמור מצות אלו מן איסור החמץ, והחילוף ממנו, והלימוד ממנו למצה משומרת כפי המפורסם אצל בעלי ההלכה, אסמכתא בעלמא".

וראה עוד בפירושו לבראשית כה, כב "ותאמר אם כן"; שם לז, כח "וימכרו את יוסף לישמעאלים"; שם מו, ד "אנכי ארד עמך מצרימה".
כפשטן, נותן רבנו אברהם דעתו לניתוחים ספרותיים ואטימולוגיים, הגם שאין הוא מרבה בכך.

"ויברך אותם אלוקים לאמר" (בראשית א, כב). רבנו אברהם משווה בין לשון הברכה לבעלי החיים, בהם נאמר "ויברך אותם אלוקים לאמר", לבין לשון הברכה לאדם "ויברך אותם אלוקים ויאמר להם אלוקים" (א, כח). לדבריו: בברכת בעלי החיים לא נאמר "ויאמר להם אלוקים", כמו שנאמר באדם, במקום זה נאמר בהם "לאמור". לדבריו: "אולי בזה רמז שהם בעלי השגה חושית בלבד", כלומר, הבדיל בין בעלי החיים ובין בעלי ההשגה השכלית, שהם בני אדם. בבעלי ההשגה השכלית נאמר "ויאמר להם אלוקים", מפני שהם מדברים. ובהללו, בבעלי החיים נאמר "לאמור", מפני שהם משיגים בחוש, מתנועעים, כמו שנתן בטבעם, לא כתנועת הדומם שהיא טבעית בלבד, אלא תנועה רצונית, כלומר, בברכת בני האדם - בעלי ההכרה השכלית, נאמר "ויאמר להם אלוקים", כיון שיש טעם לדבר אליהם, בהיותם בעלי השגה שכלית, בעוד שלבעלי החיים שדרגתם נמוכה, שאינם מדברים אבל מסוגלים להתנועע, נאמר "לאמור" בלבד.

"וירדו בדגת הים" (בראשית א, כו). לדעת רבנו אברהם: "וישלטו וימשלו, גזירתו מן "והיה כאשר תריד" (בראשית כז, מ); "ורדו בכם שונאיהם" (ויקרא כו, יז).

"ויתרוצצו הבנים בקרבה" (בראשית כה, כב). "ויתרוצצו" - שורש רצ"ץ, ובכן יהיה נגזר מן "וירעצו", "וירצצו", ויהיה פירושו היו מתרסקים ומשתברים בדחיקתם במקום צר". רבנו אברהם מוסיף לצטט ולומר: "ור' אברהם בן עזרא ובן ג'נאח ז"ל עושים את גזירתו מטעם "מרוצה" ואינם שמים אותו מטעם הרציצה. ומי ששם אותו מטעם הרציצה, שם אותו מן "ותרץ את גלגלתו" (שופטים ט, נג). אשר הוא הרציצה והלחיצה. ולפי זה היה כל אחד לוחץ את אחיו ורוצץ אותו בחוזק הלחיצה".

"בריאות" (בראשית מו, ב). "שמינות" נגזר מן "ולא ברא אתם לחם" (שמ"ב יב, יז), אשר טעמו האכילה. וידוע כי השומן ורוב הבשר הוא על ידי רוב המזון וטוב טעמו".
לרבנו אברהם כמה הערות לשוניות, המתייחסות ללשון זכר ונקבה, עבר ועתיד, אולם מספרן מועט.

"שיח" (בראשית ב, ה). "שיח" - שם לאילנות. היחיד "שיח", ורבים "שיחים". כמו ותשלך את הילד תחת אחד השיחים" (בראשית כא, טו). והכוונה כאן ב"שיח" מין העצים כולם, ולפיכך הוצאו בלשון יחיד, לפי שהמין יחיד". לדעת רבנו אברהם המונח "שיח" הוא לשון יחיד, אולם בפסוקנו הוא מכוון למין כולו. אולם נראה שאין זו כוונת תרגום אונקלוס המתרגם: "וכל אילני חקלא", כלומר ברבים.

"בניו ובני בניו בנותיו..." (בראשית מו, ז). "אצל העברים נופל על היחיד שם הרבים, דוגמאת "ובני דן חושים" (בראשית מו, כג), ולפיכך אמר "בנותיו", על בת אחת והיא דינה. "ובנות בניו" על בת אחת והיא סרח בת אשר".

"תרעץ אויב" (שמות טו, ו). "תרעץ" - תשבר, נגזר מן "וירעצו" וירצצו". והעתיד כאן בטעם העבר, כמו שתרגם אונקלוס "תברת".
לרבנו אברהם כמה הערות הסטוריות הנוגעות ליחסי ישראל והנוצרים, למנהגי הנוצרים ולויכוחים תיאולוגיים. עולמם של ימי הבינים היה עולם של מאמינים. בתודעתו של האדם היתה נטועה ההכרה שגורלו איננו נתון בידו אלא בידי כוחות שאין לו עליהם שליטה. על מהותם של כוחות אלו ועל פרטי האמונה נחלקו הדעות. ויכוחי דת הם דבר מקובל בין תיאולוגים ואף בין אנשים שאינם מלומדים. עזה היתה אמונתו של כל אחד להוכיח את אמיתת אמונתו, אשר בכוחה הוא עתיד להגאל. מאז עלתה הנצרות מתוך היהדות לא פסקו ויכוחים בין דוברי שתי הדתות. מחברי האוונגליונים ואבות הכנסיה התאמצו להוכיח את אמיתותה של הנצרות מתוך מקורות היהדות. הפרשנות הנוצרית הוציאה את פסוקי התנ"ך מידי פשוטם והעמיסה עליהם מטען אליגורי שהפך את התנ"ך כולו לאוצר של נבואות, עדויות וסמלים, המבשרים את בואו של ישו.

במאה ה- 12 אשר בסופה נולד רבנו אברהם, ובמאה ה- 13 אשר בחציה הראשון חי, נערכו ויכוחי דת בין יהודים לנוצרים, ברחבי אירופה. ידועים ויכוחי הדת המפורסמים של ר' יחיאל מפריז (9421), ושל הרמב"ן בברצלונה (3621). גם בארצות המוסלמים היו רדיפות יהודים. רבנו אברהם הגם שחי במצרים, לא היה אטום לסבלותיהם של אחיו בארצות הנוצרים, לסבלם בעת מסעי הצלב ולויכוחי הדת. בחיבורו הוא מזכיר את הנוצרים, את מקורם האדומי, את ידם הקשה על ישראל, ואף מתפלמס עם השקפה נוצרית, העולה מתוך פירושם המוטעה את פסוקי המקרא. "וגם את בן האמה לגוי אשימנו" (בראשית כא, יג). "רמז להתגלות האיסלם, המאמינים באחדות הבורא (היוצאים) ממנו. וכמה גדולה חכמת מאמרו יתעלה, "אשימנו" - לבסוף אחרי התגלות דת ישראל ובשעת החושך להם בסיבת עוונותיהם, מגיד מראשית אחרית". דומה כי רבנו אברהם קורא את הביטוי "אשימנו" בש' ימנית, מלשון שממון. ומוצא רמז בפסוק לאחריתם של בני ישמעאל. בכך מתכוין הוא לעודד את בני דורו הכבושים תחת יד האיסלם.

"ולאום מלאום יאמץ" (בראשית כה, כג). בפירושו לפסוק המתאר את המאבק ההסטורי בין עשו ליעקב, מוסר רבנו אברהם סקירה הסטורית ממצה על תולדות המאבק שבין ישראל לאדום. מתחיל ביעקב ועשו האישיים ומסיים בשני אישים אלו המסמלים את המאבק שבין עם ישראל ואדום האומה.

"יאמץ" - יתגבר ויתחזק... וסתם זה ולא ביאר איזה מהם יהיה חזק יותר טפי, שכל אחד מהם, כלומר כל אחד מזרעם גבר מה על אחיו, כמו שנאמר במלחמת עמלק "וגבר ישראל" (שמות יז, יא) "וגבר עמלק" (שם). ובראשית הזמן גבר זרע עשו (ככתוב) "ואלה המלכים אשר מלכו בארץ אדום לפני מלך מלך לבני ישראל" (בראשית לו, לא). וכאשר גבר ישראל נחלשו בני עשו והיו למס לישראל. ובימי שאול נמחה עמלק שהוא היה המפורסם בבני עשו ואחרי שאול בימי דוד (שמ"א טו, שם ל). והתמידו כך עד ימי יהורם בן יהושפט, כאשר כפר (והלך בדרך) מלכי ישראל, שאמר הכתוב "ויפשע אדום" (דבה"ב כא, י). וגם בבית שני כאשר גברה מלכות ישראל (נכנע אדום) וחזרו אל משמעתם והזקיקו אותם למילה, כמו שהובא בדבה"י ליוסף בן גוריון. ובסוף בית שני כאשר נחלשו ישראל גברו אדום והם היו סיבה לחורבן בית שני, כמו שהתנבא דוד בזה ואמר "זכור ה' לבני אדום את יום ירושלים" (תהלים קלז, ז), ונאמר בקינות "שישי ושמחי בת אדום וגו'" (איכה ד, כא), וסיבה להתגלות הדת הנוצרית אשר (אדום) היו עיקרה, כלומר מייסדי שיטתה אחרי מות יש"ו ימ"ש כמה שנים, כמו שהוא מפורסם, ולפיכך נתייחסו כל הנוצרים לאדום, אע"פ שהיו מאומות הרבה, אשר נכנסו בדתם, כמו שהמתייחסת דת האיסלם לישמעאל, אע"פ שאומות הרבה נכנסו בדתם".

רבנו אברהם מתייחס בדבריו לזיהוי שזיהו חז"ל את אדום עם הנוצרים, שלדבריו היו האדומים מייסדי שיטתה. רבנו אברהם מוסיף לציין את הקשר שבין ישראל לאדום בימיו, באמרו: "ושפלות ישראל וגבורת הנוצרים, המציאות כעת עדות עליהם". מכאן עובר רבנו אברהם לתיאור תקופת הגאולה: "אבל סוף המצב גבורת ישראל ושפלת אדום, כמו שניבא בלעם על זה "והיה אדום ירשה וישראל עושה חיל" (במדבר, כד, יח). וכן "ועלו מושיעים בהר ציון" (עובדיה א, כא), ובכן שתי אומות אלה בכל פעם שאחת מהן גוברת, קשורה בה חולשת האחרת".

בכמה מקומות בחיבורו מוצא רבנו אברהם מקום להזכיר את הנוצרים שבימיו ואת מנהגיהם. "ויאמר יעקב אל ביתו" (בראשית לה, ב), "אין הרמז לדעתי אלא אל התכשיטים אשר שללו משכם וכד', המצויירים צורות שהיו אנשי שכם מחשבים אותם ליראתם, או עובדים להם במלבושיהון, כמו שעושים הנוצרים בימינו, שלוקחים את התבניות של כסף וזהב והמלבושים בצורת הצלוב שהם עובדים לו". בדונו בפרשת אלופי עשו בבראשית לו, טז, רבנו אברהם מציין: "כאשר הזכיר את הבנים הזכיר אותם לפי סדר תולדותם. וכאשר הזכיר את האלופים הזכיר אותם לפי סדר התקדמותם. והרי לא מתחילת לידתם הם נקראים אלופים, כמו אצל הנוצרים אשר שרשם מן בני עשו, יש תנאים עד עכשיו למי שיהיה פרש אביר כדי שיהיה (נחשב מן) חיל פרשיהם האבירים".

במקום אחד בחיבורו מפרש רבנו אברהם פירוש אפולוגטי. בפירושו לבראשית מט, י "עד כי יבוא שילה", הוא מאריך להתפלמס עם הנוצרים. בכך הוא תורם לויכוח היהודי נוצרי, ויכוח אשר הדיו עולים בחיבורים של רבים מפרשני ימי הבינים. "אמרו הנוצרים הנה המלוכה כבר פסקה מכם קודם ביאת המשיח אשר אתם מחכים לו. ויעקב אמר כי "לא יסור שבט מיהודה עד כי יבא שילה", ואם היה רמז אל ישו, אז נבואה לו אמת, שהרי ישו נולד ועמד ונצלב קודם שפסקה מלכות ישראל בבית שני. אבל אם היה הרמז אל המשיח אשר אתם מחכים לו, אז נבואה זו אינה אמת, שהרי כבר פסקה המלוכה מכם קודם ביאתו, ולא יתכן מאמרו "לא יסור וגו' עד כי יבא שילה וגו'". זו ראיה אשר יסודה על ההנחה כי "שבט" בהכרח מלכות, כמו ששמעו מפירושינו, ובפרט בתרגום אונקלוס "לא יעדע עביד שולטאן". וראיה זו שמעתי אותם מבקשים הרבה להוכיח. וסיבת אדיקותם בה, לפי שהם לא מצאו זולתו ענין סתום בתורה ליתלות בו, כמו שמצאו כמה עניינים סתומים בנביאים ובתהילים אשר הם טופלים עליהם שקרם. ור' אברהם בן עזרא ז"ל דחה זה בפירושו באופן קלוש כמבואר למתבונן בו, וראוי לך להבין את סתירתו אשר אני שתקתי אותם בה פה לא פה, והיא כי אמרנו להם "לא יסור שבט מיהודה" (מוסב) אל שרביט הכח והשלטון, לא אל שרביט המלוכה דוקא כמו שחשבתם. ואם אמרתם לא כי אלא אל שרביט המלוכה (דוקא) אמרנו לכם, הרי מוכרח מזה שלא פסקה מלוכה מתמדת בזרע יהודה או בין היהודים עד שיבוא המשיח אשר מחכים לו. אמרו (הנוצרים) כן וכך היה, שהרי ישו נתגלה בסוף בית שני קודם שנפסקה ממלכת היהודים ונהרסה מלכותם. אמרנו להם האם לא נפסקה המלוכה מן היהודים בין בית ראשון ובית שני ולא היתה להם מלוכה לא ביהודה ולא בזולתה. וישו לא נתגלה אלא בסוף בית שני אחר שנפסקה המלוכה משני הבתים. ודאי בתחילת בית שני לא היה להם מלך, וכאשר עמד להם מלך, לא עמד מבית דוד ולא משבט יהודה, כמו שהעידו על זה כתבי דבה"י, וכמו שאתם מוכרחים לפרש כי לא יסור שבט בין שני הבתים, היינו על תפישת שררה ונשיאות. כך נפרש גם אנחנו, כי לא יסור שבט בגלות זו אשר אנחנו בה, היינו על ראשי הגלויות, כמו שאמרו החכמים ז"ל. או על הנשיאים וזולתם, כעין ראשי הגלויות. וזו סתירה לראיה זו אשר אין עליה תשובה אלא בעקשנות ריקנית. וזו נקודה נפלאה ראוי לך לשמור אותה".

לדעת הנוצרים הפסוק "לא יסור שבט מיהודה", מכוון למלוכה, וכאשר מפרשים אותו על ישו, כדרכם, הרי הוא אמת. הפסוק מבאר לשיטתם, שהמשיח יבוא לפני שתסתיים המלוכה בישראל. אכן כך היה עם ישו, שחי ונצלב לפני ביטול המלוכה. אולם אם מפרשים פסוק זה כדרך היהודים, על המשיח שלהם, אין פירוש זה אמת, שכן המלוכה פסקה לפני בוא המשיח. רבנו אברהם משיב לטענה זו, שדברי הנוצרים תקפים, רק אם מפרשים ש"שבט" עניינו שלטון וכח - לאו דוקא מלוכה. אשר לטענתם שישו חי ונצלב לפני תום המלוכה בישראל, משיב רבנו אברהם שהמלוכה אכן פסקה בתקופה שבין בית ראשון לשני, וגם בתחילת בית שני לא היתה לישראל מלוכה. כלומר ישו חי לאחר שפסקה המלוכה מישראל. לדעת המחבר יש לפרש את הפסוק על שררה ונשיאות, כגון על הנשיאים וראשי הגלויות, וזו סתירה לטענתם.
אחד מקווי פרשנותו של רבנו אברהם, הוא פרשנות ההנמקה. לרבנו אברהם נטיה לנמק את הכתובים, ולהסביר מדוע נכתב פרט זה או אחר ולנמק את התנהגותם של אישי המקרא. ניכר שבחפשו טעמים לאיזכור נושאים אלו או אחרים, מבקש רבנו אברהם למצוא טעמים הטעונים מוסר השכל של אמונה, של שבח לעם ישראל ולאבות האומה.

"ויהיו חיי שרה" (בראשית כג, א). "טרחה התורה להזכיר את חיי הנביאים וגדולי הצדיקים כדי להראות את אמיתת ההבטחה לשומרי תורתו ומקיימי מצוותיו".

"ועשה לי מטעמים" (בראשית כז, ד). "קשר הברכה במטעמים. יש לי בו טעם והוא כתוב... שנתכויון יצחק לתקן את נפשו הכבודה ולשמח אותה ולתקן את מזגו במאכל ערב ונעים, ושיהיה זה על ידי עשיו, כדי שתהיה הברכה יותר ראויה לו. וכבר הזכיר זה גם כן אבי אבא ז"ל".

"וימלוך באדום" (בראשית לו, לב). "התועלת בהזכרת מלכים אלה והזכרת שמות ארצותיהם, כדי ללמד שהיו נכרים באדום, ולהודיע לנו מיעוט ההשגחה באדום, עד כדי שהמלכים אשר מלכו עליהם היו נכרים אשר כבשו אותם ומלכו עליהם. ואין בהם מלך בן מלך, אלא אחר מות כל מלך מהם, עוברת המלוכה ממנו אל איש אחר שאינו לא בנו ולא קרובו ולא מארצו. בניגוד להבטחה למלכי ישראל "למען יאריך ימים על ממלכתו הוא ובניו וגו'" (דברים יז, כ). (והזכרת מלכים אלה יש בה ג"כ תועלת) לחזק את אזהרתו ית' לעתיד "לא תוכל לתת עליך איש נכרי" (שם טו), כמו שביאר אבא מרי ז"ל במורה".

"ותמנע היתה פילגש" (בראשית לו, יב) "אמרו החכמים ז"ל כי התועלת לכתוב זה, כדי להודיע לנו כי לוטן... היה קל עליו שאחותו תמנע תהיה פילגש לאליפז... כדי להתברך ביצחק ובאברהם, כמו שהבטיח להם ה' "והתברכו בזרעך כל גויי הארץ" (בראשית כו, ד).

"ולא יכלו דברו לשלום" (בראשית לזו, ד). "יש אומרים כי מפני השנאה היתרה לא יכלו להראות לו חיבה, ואפילו באמירת שלום, וזה קרוב יותר אל הלשון. ויש אומרים כי לפי שלא היתה בהם צביעות לא הראו לו חיבה באמירת שלום, וזה דומה יותר למידתם. והיא כוונת המתרגם והוא ביאור החכמים ז"ל בזה, מתוך גנותם של שבטים אתה למד שבחן, שנאמר "וישנאו אותו ולא יכלו דברו לשלום". לדעת רבנו אברהם הפירוש הראשון קרוב יותר אל הלשון. זאת, אולי כיון שההיגד "ולא יכלו דברו לשלום". סמוך אל "וישנאו אותו". כלומר, מתוך השנאה לא יכלו דברו לשלום. לפי פירוש זה "וישנאו אותו", מובא כסיבה לכך שלא יכלו דברו לשלום. ואילו לפי הפירוש השני, שלא היתה בהם צביעות, אין ההיגד השני תוצאת הראשון, אלא מנוגד לו. למרות ששנאו אותו, לא התנהגו אתו בצביעות.
לרבנו אברהם כמה פירושים נאים ומעניינים, המאפשרים לנו לעמוד על השקפת עולמו, על בעיות פרשניות שהעסיקו אותו ועל דרכי פתרונן. מהן בעיות הקשורות בפרשנות הטקסט, כאלה הקשורות בהסבר מניעי פעולתם של אישי המקרא, ואחרות הדנות בענייני הגות ותיאולוגיה.

"ה' אלוקים" (בראשית ב, ד). "ובמה שקודם אמר "אלוקים" לבד, הנקרא אחד ברוך הוא, אע"פ שרבו השמות הנכבדים הגדולים, ואין אנחנו יכולים לדעת למה פירש במקום אחד בשם משמותיו יתעלה, ובמקום אחר בזולת אותו השם. ואם יכולים אנו להבין בקצת המקראות, אין אנו יכולים להבין אותו בכל המקראות. והוראת אלוקים ברוך שמו כבר קדם בו המאמר. והוראת שם המפורש סוד. ובפירוש פרשת וארא נאמר מה שאפשר לומר". רבנו אברהם עומד על תופעה שהעסיקה ברבות הימים את בקורת המקרא, בדבר שמותיו של הבורא. בבראשית פרק א' הכנוי הוא אלוקים בלבד. בפרקים ב-ג הכנוי הוא ה' אלוקים, בעוד בפרק ד' הכנוי הוא ה' בלבד. פתרונם של חז"ל שאלוקים מציין את מידת הדין וה' - את מידת הרחמים, ככל הנראה איננו מספק את רבנו אברהם, שכן הוא טוען בפירוש ש"אין אנו יכולים לדעת למה פירש במקום אחד בשם משמותיו יתעלה, ובמקום אחר בזולת אותו השם". אכן הסברם של חז"ל הוא כללי ואיננו מתייחס לכל מקום במקרא. לפיכך נראה שאין רבנו אברהם יכול להסתפק בו.

"אנא אני בא" (בראשית לז, ל). ראובן השב אל הבור ואיננו מוצא את יוסף זועק "הילד איננו ואני אנא אני בא". לדעת רבנו אברהם הצעקה היתה "על חסרונו וגודל הצער על אבדנו. ומכאן גילה להם מה שהחליט עליו, ואעפ"כ הסתיר את המעשה מיעקב, לפי שהיה חס עליו. או שאפשר שראה שזה טוב יותר אם יתייאש (יעקב) ממנו ולא ישאר בחרדה לבקש השבתו אשר קרוב שלא יעלה בידו ולא יצלח. ובכל יקשה היגון יותר ויגדל יותר. או נמנע (ראובן) מלהגיד כמו שנמנע יוסף עצמו מלשלוח ממצרים להגיד לאביו אפילו בשעת גדולתו ויכלתו לעשות כך, לפי שהיה מחכה למה שתעשה הגזירה האלוקית בענין הגדול הזה, אשר לא היה אלא סיבוב אלוקי, בשביל דבר גדול אשר מכלל הסודות האלוקיים לכלות, להוציא אל הפועל את הרצון (האלוקי) שזה יהיה נסתר. והסכימו (יוסף וראובן) על כוונה זו ועל השיטה להסתיר. והפירוש שהיה שם חרם, הוא על דרך הדרש הידוע".

רבנו אברהם מתייחס למתח הנורא ששרר בבית יעקב במשך 22 שנה. מתח שיסודו בכך שבני הבית ידעו את האמת, אולם לא העזו לדבר עליה. מתח הנובע מנושא כמוס, כבוש וחבוי, שאין מעיזים להעלותו, אולם הוא מצוי ברקע האווירה בבית. מדוע לא גילה ראובן לאביו את פרשת יוסף? רבנו אברהם מעלה שלושה הסברים לכך. שלשתם הם למעשה שלושת האפשרויות שראובן עשוי היה לשקול. האחת, כיון שחס וחמל על יעקב, לא רצה לצערו השניה, קרובה לראשונה, שראובן שקל שיקול פסיכולוגי, לפיו עדיפה הוודאות בדבר מותו של יוסף, מלגלות לאביו שהוא חי. לדעת רבנו אברהם גם ראובן וגם יוסף נמנעו מלגלות ליעקב מאותה סיבה, כיון שלא רצו להשפיע על הגורל, והמתינו לראות כיצד תפעל הגזירה האלוקית בנידון. ("כי גנב גנבתי מארץ העברים" - בראשית מ, טו). "ואמרנו שבשביל שתלה בשר המשקים בבקשת ההצלה, נענש ששכח אותו שר המשקים שתי שנים. ואין רחוק שיהיה דוגמאת זה (בבשר ודם) מן (הדברים) אשר בהם גנות על (צדיק) דוגמאתו (של יוסף), כמו... שאפשר שלא תהיה עליו גנות בזה, שהרי אם יהיה בטחונו של המאמין שלם בלבו, לא יגרע מבטחונו אם ישתמש בסיבות הרגילות. ויעקב ע"ה כבר נשתמש במנחה להנצל מן עשו. ויצחק נשתמש באמירתו על רבקה "אחותי היא", להנצל מן אבימלך ועמו. ובזה אברהם על שרה. ואין בזה על אחד מהם גנות. ומה שנתאחר (יוסף) לצאת ושכח אותו שר המשקים כמו שאמר בזה בתהלים "עד עת בוא דברו שלח מלך ויתירהו" (תהלים קה, כ). והיתה יציאתו בזמן שהיה לפרעה צורך בו, שעל ידי זה יצא להיות שר נכבד קרוב למדרגת המלך. וכבר ביאר זה בן חפני ז"ל".

רבנו אברהם פותח בציטוט הפירוש המציין שיוסף נענש בכך שנשאר שנתים בבית הסוהר כיון שסמך על טובתו של שר המשקים. רבנו אברהם חולק על סברה זו כשהוא תומך את דעתו בכתובים עצמם ובהתנהגותם של האבות. לדבריו, אם המאמין הוא בעל בטחון, אין כל פסול בכך אם הוא נעזר בכל מיני דרכים להנצל. הוכחה לכך אומר רבנו אברהם, ניתן למצוא בהתנהגותם של אברהם ויצחק שאמרו על נשותיהם "אחותי היא". כלומר, עשו השתדלות טבעית, ואין הדבר פוגם בבטחונם. גם יעקב השתמש בהבאת מנחה כדי להנצל מעשו, ואין זה פוגם בבטחונו. את סיבת השארותו של יוסף שנתים נוספות בבית הסוהר, מוצא רבנו אברהם בתחום אחר, כשהוא נעזר בכתוב בתהלים. יוסף נשאר שנתים עד אשר הגיע הזמן שמתיר אסורים קצב לו, ואז יצא בזמן שלפרעה היה צורך בו.
"ואל משה אמר" (שמות כד, א). "דעת החכמים ז"ל שאמירה זו ובנין המזבח שיזכיר והקרבת הקרבנות, כל זה היה לפני מעמד הר סיני. ולפי זה תהיה מגמת "ואל משה אמר", רמז לקדימת דיבור זה לפני המשפטים, בטעם "ואל משה היה אמר", כמו שירש אבי אבא ז"ל". רבנו אברהם מתכוין לכך, שכאשר מופיע במקרא פעל פשוט ולא בוו' ההיפוך, הרי הוא בא לציין פעולה שארעה עוד קודם. כגון "והאדם ידע את חוה אשתו" (בראשית ד, א); "ורחל לקחה את התרפים" (שם לא, לד). רבנו אברהם מצטט מדברי חז"ל שאמרו ששמות כד נאמר עוד לפני מעמד הר סיני, ולא לאחר פרשת משפטים כפי שהוא כתוב. זו גם דעתו של רש"י בפירושו לשמות כד, א. אולם אין זו דעת רבנו אברהם, המציין "ואין זה הפשט, ולא יתן המשך המאמר אלא שהיה זה אחר מעמד הר סיני".

"כתוב זאת זכרון בספר" (שמות יז, יד). "לחכמים ז"ל מאמר טעמו שלפני שכתב משה ע"ה את התורה בסוף שנת הארבעים, היה כותב מה שאירע להם, והיה מוריד להם פרשיות נפרדות, ושוב בסוף נקבצו אותן הפרשיות ונוסף עליהן מה שנוסף, ונסדרו ונכתבו מפי הגבורה בלשון זה הכתוב מן ב' של בראשית עד ל' של ישראל. וסעד לזה מאמרו בואלה המשפטים "ויכתוב משה את כל דברי ה'" (שמות כד, ד)... ולא היתה התורה כתובה שלמה בעת ההיא. ומאמר זה לדעתי, הוא היותר נכון שנאמר בזה". לדעת רבנו אברהם עוד לפני שנכתבה התורה, בסוף שנת הארבעים, מסר משה לעם פרשיות נפרדות. דעה זו מבוססת על הפסוק במשפטים "ויכתוב משה את כל דברי ה'" (שמות כד, ד), והרי עדיין לא היתה כל התורה כתובה בעת ההיא. גישה זו היא גם גישתם של חז"ל, ומובאת ברש"י לשמות כד, ד.

האבות כמקיימי תורה: "ויטמון אותם יעקב" (בראשית לה, ד). "ולפי שהתאימו מעשי מצוות אלה על ידי האבות ע"ה למצוות התורה, עם אמונתם באחדות הבורא, והרחקתם את השיתוף והעבודה והיראה והאהבה שהן עיקרי האמונה בתורה ושרשיה, אמרו בהם כי הם קיימו כל התורה כולה, לא ששמרו את השבת או אכלו מצה בפסח כמו שיעלה על הדעת, וכבר ביארתי זה בספר אלכפאיה". מסורת חז"ל מציינת שהאבות קיימו תורה, אולם רבנו אברהם איננו מקבל זאת כמשמעו. לדעתו, לא קיימו האבות מצוות בפועל דוגמאת שמירת שבת ואכילת מצה, אלא כיון שמצוות אלו מתאימות לאמונה באחדות הבורא, להרחקת השיתוף וכיו"ב, אמרו שקיימו כל התורה.

פרשנות פסיכולוגית: רבנו אברהם נותן דעתו להיבטים הפסיכולוגייים העולים מתוך ספורי המקרא. "ויקנאו בו אחיו" (בראשית לז, יא). "הקנאה שונה מן השנאה שהרי לפעמים ישנא האדם למי שפחות ממנו ולא יתקנא בו. אמנם על פי הרוב, לא תבוא הקנאה אלא למי שישנא. ובכן בחלום הראשון באה שנאתם לו בלבד, לפי שלא חשב לבם שיתקיים ענין החלומות במציאות". תגובת האחים על החלום הראשון היא "ויוסיפו עוד שנוא אותו". ואילו בחלום השני נאמר "ויקנאו בו אחיו". זאת, לדעת רבנו אברהם כיון שבחלום הראשון עוד לא חשבו שהוא עשוי להתגשם, אבל לאחר ספור החלום השני, המתינו להתגשמותו ולכן נוספה על תחושת השנאה גם קנאה.

פרשנות פילוסופית: לרבנו אברהם כמה פירושים העוסקים בסוגיות של הגות ומחשבת ישראל. "כי לא המטיר ה' אלוקים" (בראשית ב, ה). "להודיע לנו בזה כי רצונו יתעלה וחכמתו בבריאת עולמו גזרה שבירידת מטר על הארץ והשקותו אותה במים, יצא מכח הארץ אשר נתן בה האל יתעלה אל הפעל... "ותוצא הארץ" כך התהווה, והוא יתעלה הוריד מטר והושקתה הארץ והוציא צומח. והודיע בזה את חיזוק האמונה הכללית, והיא שבמאורעות והחמרים וסיבותיהם הנראות בחוש, והמושגות בהשקפה המדעית והחקירה השכלית, הוא יתעלה המציא אותם כולם מן האין בכוחו וחפצו, לא שהם נמצאים בחק טבעי קדמון, כמו שחשבו בעלי שיטת הקדמות מן הפילוסופים וכיו"ב. ולא אמר "כי לא ירד המטר", אלא "כי לא המטיר ה' אלוקים", כדי לחזק את האמונה בבריאה והחידוש כפי שביארנו". לדעת רבנו אברהם, הפסוק בא ללמד אמונה בבריאת העולם על ידי בורא עולם, ולדחות את דעת הפילוסופים הסבורים שהעולם קדמון.

"והאלוקים יעננו בקול" (שמות יט, יט) "חכמי עדתנו הסכימו כי הקול נברא, ויחסו אליו נתעלה כיחס הכבוד אליו, שנאמר בו "ומראה כבוד ה'", וזוהי האמונה האמיתית. וקצת חכמים זולת עדתנו מאמינים שהוא יתעלה אינו מדבר בדבור וקול, שהרי הוא יתעלה אינו גשם, ומאמינים עם זה שהדבור תואר של עצמיות לו, אינו נברא אלא קדמון בקדמותו. וזה כעין הכרעה בין שני הפכים. ולהם עלינו טענה עצומה באשר הם אומרים אתם מאמינים שהאל יתעלה דבר אל משה בלתי אמצעי, וזהו החילוק בין נבואתו ונבואת שאר הנביאים, וזהו טעם "פה אל פה" ו"פנים אל פנים", ואם הקול והדבור שדבר על ידם היו נבראים, הרי לא היו עומדים בעצמם. וזה ממה שאין מחלוקת בו. ובכן בהכרח היה אותו הדבור על ידי גשם נושא לו את רוח או זולתו, ואז הגשם הנושא לדבור הוא המדבר והוא האמצעי בינו יתעלה ובין משה באמצעות המלאך בינו יתעלה ובין שאר הנבראים".

רבנו אברהם מביא בפירושו שתי דעות: של חכמי עדתנו שהקול נברא, דעה שהוא מכנה "האמונה האמיתית". דעה שניה היא דעת חכמים שאינם מעדתנו, לפיה הקול הוא ישות קדומה שיש לה עצמיות משלה. באמרו "ולהם עלינו טענה עצומה", מתקבל הרושם שלרבנו אברהם יש אהדה מסוימת לפירוש זה, והראיה שאין הוא דוחה אותו. מה עומד ביסוד פירושו הראשון? אולי כוונתו לומר שכיון שבני ישראל לא יכלו לעמוד בפני קול כל כך חזק, היה צורך לברוא קול מיוחד שיתאים ליכלתם לשמוע. במורה נבוכים, הרמב"ם מדבר על קול ששמעו משה וישראל במתן תורה. הרמב"ם מדבר על הקול כשלעצמו ולא על קול ה'. כגון: "והם שמעו הקול ההוא העצום"; "ועל שמע הקול ההוא העצום"; "ואמר קול דברים אתם שומעים". וכן בסוף הפרק: "אמנם קול ה', ר"ל הקול הנברא אשר ממנו הוכן הדבור". מהיגדים אלו נראה לע"ד, שהרמב"ם מתייחס לקול, כאל ישות נפרדת, שנבראה על ידי הקב"ה לצורך מתן תורה, קול שאין בו חיתוך דברים. וכן במורה נבוכים, אומר הרמב"ם "ואמנם ייוחס אליו להיות המאמר ההוא אשר שמעו משה רבנו ע"ה, השם בראו וחדשו, כמו שברא כל מה שבראו וחדשו".

נראה לע"ד, שלכך מתכוין גם רבנו אברהם , והוא מכנה דעה זו "האמונה האמיתית".
רבנו אברהם שאב מדברי קודמיו, שהם בעיקר תרגום אונקלוס, פרשנות הגאונים, אבי אביו, אביו הרמב"ם וראב"ע.

יחסו לתרגום אונקלוס: קדמונינו העריכו מאד את תרגום אונקלוס, ובתקופת הגאונים הוא אף זכה ליחס של קדושה. בתשובתו של הרב שר שלום גאון, נאמר: "שאר תרגומים אין בהם קדושה כתרגום זה. ושמענו מפי חכמים קדמונים, שענין גדול עשה הקב"ה באונקלוס הגר על שנעשה התרגום על ידו". פרשני ימי הבינים הרבו להסתמך עליו. כך הרמב"ם כותב: "אונקלוס הגר שלם מאד בלשון העברית והארמית". לא יפלא אפוא, שגם רבנו אברהם בן הרמב"ם מצטט מתרגום זה, ורוחש לו כבוד רב.

"והיה כאשר תריד" (בראשית כז, מ). "נגזר מן ענין הממשלה והמלוכה והשעבוד. כמו שפירש אונקלוס ז"ל, לפי שממשלתו (של יעקב) אשר הוקדם בשבילה (כמו שאמר לו אביו) "הוה גביר לאחיך", דבוקה במשמעתו ושלמותו הרוחנית... ועצמאות עשו ושחרורו משעבודו לא יהיה אלא בעזוב (יעקב) את המשמעת (לתורה), וזה כלומר ביאר אונקלוס על פי פירוש אמיתי לא פתרון". אונקלוס פירש שכאשר יעברו בני ישראל על התורה, יאבדו את יתרונם ושליטתם בעשו. וכך רבנו אברהם המפרש שישראל יהיו במצב של "גביר לעשו", בתנאי שישמרו על דבקות במשמעתם לה'. דומה כי ניתן למצוא כאן את עקבות הרמב"ם במורה נבוכים, המדבר על כך שהאדם מושגח בהתאם לדרגתו השכלית ולדבקותו בה': "ולא תהיה אם כן ההשגחה האלוקית בבני אדם כלם בשווה, אבל יהיה יתרון ההשגחה עליהם כיתרון שלמותם האנושי זה על זה".

"אז חללת יצועי עלה" (בראשית מט, ד). "טעמו מאז חללת יצועי, כלומר מאותו הזמן נשללה הבכורה ממך. והכנוי ב"עלה" לפי פירוש המתרגם, על ראובן, כמו שביאר את זה ואמר "עלה" בלשון נסתר ולא אמר "עלית", כמו שאמר "חללת", כדי לכנות בו, לכסות על חרפתו. זו היא כוונת תרגום אונקלוס. והמפרשים הסבו את הכנוי ב"עלה" על היצוע. לדעת המחבר הביטוי "עלה", מכוון לראובן. כך בתרגום. הכתוב מציין "עלה" בלשון נסתר ולא אמר "עלית", בנוכח כדי למנוע חרפה מראובן. יצויין, שתיאום ואחדות בין חלקי הפסוק בעיקר בעניינים דקדוקיים, הוא קו אופייני לתרגום אונקלוס. כך בפסוקנו "עלה" מתורגם "סליקתא", בעקבות שני הפעלים האחרים "עלית" ו"חללת", שהם בנוכח, וראה עוד בפירושו לבראשית ב, ז: מ, ד; מט, ג; לשמות ה, ח; טו, טז; טו, כא.

יחסו לרב סעדיה גאון: רב סעדיה גאון (288-249) היה ראשון לפרשני המקרא בערבית. הוא תירגם את רוב ספרי המקרא, ואולי את כולם לערבית, וכתב פירושים לכמה מהם. לפעמים שני פירושים לספר אחד, אחד ארוך ואחד קצר, שהוא למעשה תרגום ערבי לתורה. לשטתו, חובה להבין את הכתוב כפשוטו, אלא אם כן הנסיון והחושים דוחים את הפשט. השכל דוחה את הפשט, כשהכתובים סותרים זה את זה, או כשהכתוב מנוגד למסורת חז"ל. תכונות אלו והעובדה שכתב בערבית חבבוהו על רבנו אברהם, המרבה לצטטו אולם איננו נמנע מלחלוק עליו כאשר דבריו אינם תואמים את לשון הפסוק.

"ויתן לך האלוקים" (בראשית כז, כח). "צריך להתבונן בטעם פתיחת ברכה זו בוא"ו החיבור, האם זה מחובר אל ענין שקדם לו או זו התחלה". בפסוק מתעורר קושי מהי משמעות הפתיחה בוא"ו "ויתן" לדעת רבנו אברהם "ואע"פ שהוא בוא"ו החיבור דוגמאת "ויביאנו חסדך ה'" (תהלים קיט, מא); "ואשתעשע במצוותיך" (שם מז) וכיו"ב. דעת רב סעדיה ז"ל כי זה מחובר על ענין שקדם במקרא והוא מאמרו "ראה ריח בני", שהוא תחילת הברכה. זה כאילו אומר לו כמו שנתן לך האל מה שביסום ריחך מורה אליו, כי יתן לך עוד וישפיע עליך כזאת וכזאת". כלומר הוא"ו שב"ויתן" מחברת את הפסוק לפסוק הקודם, באופן ש"ריח שדה" הוא תחילת הברכה. רבנו אברהם מביע תמיהתו על פירוש ר' סעדיה, באמרו "אלא שבתרגומו הפשוט פירש את המקרא "יתן לך", בלי וא"ו החיבור, וזה סותר למשמעות ביאורו בפירושו הארוך". לאחר הביאו את פירוש רס"ג, מעלה רבנו אברהם סברה משלו: "ואין מן הנמנע שיהיה זה מחובר אל ענין נסתר שלא נגלה בדיבור ולא יושג אלא בדרך השערה. והנראה לי בביאורו שהוא מתחבר אל ענין שהסתיר, ועיקר הברכה היא נפשית כמו שאמר "למען תברכך נפשי", וכמו שביקש הוא "למען תברכני נפשך". וכאילו נפש יצחק הכבודה הובילה ברוח הקדש ברכה מסותרת אל נפש יעקב, שהבין אותה יעקב אע"פ שלא פירש אותה בדיבור מפני דקותה וכבודה".

"צבאם" (בראשית ב, א). "הכוונה בו לדעתי, חלקיהם. וגזירתו מן "צבא" ... וזו השאלה (בש' שואית), לפי שכל הנמצאים בהיותם משועבדים לחפצו יתעלה ולרצונו, הם צבאותיו, כצבאות המלך המוכנים המשועבדים לרצונו וחפצו. ומאמר רב סעדיה ז"ל כי "צבא" איננו נופל אלא על המדברים, לא נראה לי. אלא נראה לי כי "צבא" יש לו טעם כללי ופרטי. הפרטי כמו שאמר ז"ל על המדברים... וטעמו הכללי על כל הנמצאים שהרי כולם עבדיו יתעלה ומשועבדים לחפצו... וצבא השמים הם שני המאורות"... לדעת רבנו אברהם הביטוי "צבא" מכוון לכל הנבראים, בני אדם או זולתם, העומדים לשרת את בוראם ומשועבדים לרצונו. בכך חולק רבנו אברהם על רס"ג שלדעתו הביטוי "צבא" חל רק על המדברים, היינו בני אדם, הוכחה לכך מוצא רבנו אברהם בביטוי "צבא השמים", ככינוי לשמש, לירח ולכוכבים, העומדים לעשות רצון בוראם ואינם בני אדם מדברים.

וראה עוד בפירושו לבראשית ב, ד; כב, כ; כד, כג; לט, כג; לט, כג; מב, א; מג, יח; לשמות יז, יב.

יחסו לרב שמואל בן חפני: ר' שמואל בן חפני, גאון ישיבת סורא (נפטר 3101), הרבה לעסוק בפרשנות. לא ידוע לנו כמה מספרי המקרא פירש, אבל את התורה ביאר כולה, אם כי לא נשאר בידינו אלא חלק מועט מחיבורו.

"וימשכו ויעלו את יוסף" (בראשית לז, כח). רבנו אברהם מביא את פירוש ר' שמואל בן חפני ז"ל, לפיו מחירו של יוסף היה זול, אע"פ שדמיו היו יקרים. כלומר, שוויו רב אך מחירו באותה שעה היה נמוך. זאת לדעתו, משלוש סיבות: 1. שלא היו להוטים לבקש מחיר שהרי רצו להפטר ממנו. 2. כאשר הושלך לבור הורע מצבו והיה נוטה למות מחמת רעב, והקונה אותו שם כספו על קרן הצבי, שמא ימות. 3. הקונים ידעו כי הוא גנוב, כי לו היה עבד, לא היו מכניסים אותו לבור, והגניבה נקנית במחיר נמוך.

"ולא זכר שר המשקים" (בראשית מ, כג). "ולאבן חפני ז"ל (נראה) בזה שהוא ביאור כי הזנחת (שר המשקים) מלהזכירו אל פרעה, איננה התרשלות ממנו והעלמת עין ממה שהיה מחוייב בו, כמו שנאמר ביואש עם זכריה: "ולא זכר יואש המלך החסד" (דבה"ב כד" כב), אלא על ידי שכחה שארעה לו ברצון אלוקי, וזה הוא הפירוש האמיתי". לדעת המחבר לא היתה כאן הזנחה של שר המשקים ולא היתה התעלמות מיוסף אלא שכחה שיסודה בהכוונה האלוקית. ר' שמואל בן חפני, שהוא בעל הפירוש, מסתייע בפסוק "ולא זכר יואש המלך החסד". כדי להצביע על דוגמא של שכחה מכוונת. שכחה שאדם שוכח מתוך כוונה לשכוח. כאן היתה השכחה לא בכוונת אדם, אלא בהכוונה אלוקית. רבנו אברהם מעיר על פירוש זה שהוא הפירוש האמיתי. רבנו אברהם מתייחס לכל קורותיו של יוסף במצרים כאל התרחשות מכוונת על ידי ה', לפיכך לא יתכן שהקורות הללו יארעו דרך שכחה והזנחה אנושית. בפירושו לבראשית מ, טו, מבאר רבנו אברהם שהעובדה שיוסף נתעכב בבית האסורים שנתים, נעוצה ברצון ה', שכך גזר. רבנו אברהם מוסיף לבאר שיציאת יוסף מבית הסוהר דוקא בשעה שהמלך זקוק לו, והפיכתו לשר ונכבד הקרוב למלך, הוא דבר מכובד הרבה יותר מאשר אילו היה יוצא בהמלצתו של שר המשקים, הסבר שלדבריו, מקורו בפירושו של בן חפני ז"ל.

ןראה עוד בפירושו לבראשית כט, יז; לב, לא; לה, ד; לח, א; לח, כח; לט, א; טז, ז; מז, טו; טז, לא.

פירושים המובאים בשם אבי אביו: רבנו אברהם מביא פירושים מאביו זקנו, פירושים נאים וחדשניים המאירים את המקראות בדרך מקורית ומעניינת.

בראשית לז, ח: "אין אדם רואה אלא מהרהורי לבו. ולאבי אבא ז"ל (נראה) בזה שהם התרגזו לפי ששנה להם את החלום. וטעם מה שאמרו לו כי מה ששנית לנו חלום זה ואתה מיטפל בו, ראיה שאתה מחכה לעניינו, ומצפה לפירושו, וזה פירוש נכון ומתקבל, והוא המובן מביאור המתרגם במאמרו "המלכו את מדמה לממלך עלנא". וגם ממה שאמר הכתוב "ויוסיפו עוד", המחזק לפירוש זה". לדעת אביו זקנו של רבנו אברהם כעסם של האחים נבע מהעובדה שיוסף חלם פעמיים. הישנות החלום מוכיחה שיוסף היה עוסק בו ומצפה להגשמתו. רבנו אברהם מציין עוד שההיגד "על חלומותיו" מוכיח שיוסף חשב על כך קודם, דבר שהביא לידי החלום.

"ויאמרו שנים עשר" (בראשית מב יג). בשיחת האחים עם אביהם בבואם ממצרים, שואל אותם אביהם: "למה הרעותם לי להגיד לאיש העוד לכם אח" (מג, ו). תשובת האחים: "שאול שאל האיש לנו ולמולדתנו לאמר העוד אביכם חי היש לכם אח" (פס' ז). אולם בספור פגישת האחים עם יוסף בפרק מב פס' ו-כ, לא מצינו שיוסף שאל אותם למולדתם. לכן נראה שדברי האחים "שנים עשר עבדיך אחים אנחנו בני איש אחד בארץ כנען", כתגובה על האשמתו אותם בריגול, הם דברי התנצלות ונסיון לדחות את האשמתו. רבנו אברהם מעיר על כך באמרו: "אין בזה התנצלות שהם מרגלים אלא תשובה לשאלתו, שאמרו עליה "שאול שאל האיש לנו ולמולדתנו". וקיצר הכתוב מלהזכיר זה כאן. וכאשר שאל על זה השיבו לו ואמרו "שנים עשר וכו'" זו נקודה נפלאה שביאר אבי אבא ז"ל". דברי האחים לאביהם "שאול שאל האיש" מתייחסים לעובדה שהתרחשה בפגישתם עם יוסף, אע"פ שלא נאמר שיוסף שאלם. הוא אכן שאלם אלא שהכתוב קיצר ולא הזכיר זאת. אבל דבריהם "שנים עשר עבדיך" כתגובה על האשמתם בריגול, מורה שאכן יוסף שאלם.

"אם כסף תלווה" (שמות כב, כד) "כבר קדם הפירוש "כל אם ואם שבתורה רשות חוץ מג', וזה אחד מהם". ולאבי אבא ז"ל בפירושו, שאין ההלוואה מצוות עשה שקיומה חל (על האדם) על כל פנים, שהרי אפשר שלא יבקש אדם ללוות ממנו ולכן לא תחול עליו מצווה זו. ומשום זה הביאה הכתוב בלשון "אם", וכאילו אמר אם יבוא אליך אחד ללוות ממך אשר חלה עליך (המצווה) להלוות לו, "לא תהיה לו כנושה". כלומר, הגם שהתיבה "אם" נדרשת על ידי חז"ל כאם חובה, לדעת אביו זקנו של רבנו אברהם, ניתן לקיים תיבה זו כמלת תנאי, שכן אין מצווה זו חובת גברא, אלא תלויה בנסיבות. שהרי אם לא יבקשו ממנו הלוואה, לא יתחייב כלל במצווה זו. לדעת רבנו אברהם "זה פירוש יפה מתאים עם משמעות הלשון וטעם הקבלה". עם זאת, רבנו אברהם מצטט גם מדברי רס"ג שהביא ראיה ש"אם" זה הוא חובה ולא רשות: "כי הביא מצווה זו עצמה בלשון אחר בהודעת החיוב ב"פתח תפתח וגו'" (דברים טו, ח), "והעבט תעביטנו וגו'" (שם), וזו ראיה חזקה על מה שהביאה הקבלה".

וראה עוד בפירושו לבראשית כא, כב; כו, ד; כו, לד; לא, לו; לה, יח; לז כח; לח, יא; לח, יב; מא, לד; מו, כח; לשמות ו, יג.

יחסו לאביו הרמב"ם: כמה פירושים מביא רבנו אברהם בשם אביו הרמב"ם, המכונה בפיו "אבא מרי ז"ל". "ויהי אחר הדברים האלה" (בראשית כב, א). "ואמרו כי יצחק ע"ה היה אז בן שבע ושלושים שנה, וזמן העקידה מחובר לזמן פטירת שרה. וזו היא שיטת החכמים בבראשית רבה, פירשו כי יצחק ציית וסבל והכין את עצמו. אבל אבא מרי ז"ל, קבלתי ממנו, שהוא היה מרחיק את זה הרבה, והיה אומר שאילו היה הדבר כן, היה באמת ציות יצחק במעשה זה גדול מציות אברהם. והיתה ההבטחה והשכר וגמול ליצחק יתרה (על ההבטחה לאברהם) ואין (ראיה על) זה במקרא".

וראה עוד בפירושו לבראשית לג, ה; לו, לב.

יחסו לראב"ע: בכמה מקומות מביא רבנו אברהם מפירושי ראב"ע. בדרך כלל הוא מקבל את פירושיו, אבל יש גם שהוא דוחה את פירושיו, ואפילו במלים חריפות. "ויזד יעקב נזיד" (בראשית כה, כט). בפירושו למקרא מבאר ראב"ע שיצחק היה עני, והגם שאברהם השאיר לו ממון הרבה, בא לידי עוני בזקנתו. ראב"ע מוכיח את דבריו, ומציין שיצחק אהב את עשו בעבור צרכו, ואילו היה לחם רב בבית יצחק, לא היה עשו מוכר את בכורתו בנזיד עדשים. וכן לו היה יצחק אוכל כל יום מטעמים, מה טעם אמר לעשו "הביאה לי ציד"? עוד מקשה ראב"ע מה שנאמר "ויגדל האיש" (כו, יג), זה לפני זקנתו. בהתייחסו לפירוש ראב"ע לפסוק, אומר רבנו אברהם: "ומה שחשב ר' אברהם בן עזרא ז"ל כי ירד יצחק מנכסיו, הוא פירוש חסר טעם ודבר רחוק אשר המשך המקרא מורה על היפוכו, והספור מעיד על סתירתו, ואין הכרח להשערה זו חסרת הטעם, ובפרט שאין ראיה בכל ראיותיו שהביא". פירושו של ראב"ע רצוף סברות ללא הוכחות, וכבר נסתרו סברותיו על ידי הרמב"ן בפירושו על אתר. לא יפלא שהוא מעורר את חמתו של רבנו אברהם.

"כל נפש בניו ובנותיו שלושים ושלש" (בראשית מו, יד). "ומה שאמר בבני לאה "כל נפש בניו ובנותיו שלושים ושלש", והמספר הפרטי שלושים ושתים, אמרו בזה הרבה. ומה שאמרו בו החכמים ז"ל והמפרשים שנמשכו אחריהם שיוכבד נולדה בין החומות, ובה נשלם מספר שלושים ושלש, אין עליו ראיה מן המקרא ואם הלכה נקבל... ודעת בן עזרא ז"ל בזה כי יעקב ע"ה הוא השלמת המספר ובו נשלם שלושים ושלש, הוא הכי נכון שבפירושם, וסיוע לו מאמר המקרא בתחילת החשבון "יעקב ובניו" (שם פס' ח), ראיה שהמספר נשלם בו. ומה שאמר "כל הנפש... ששים ושש", לפי שיעקב אשר בהוספתו אמר המקרא בסכום זרעו מן לאה שלושים ושלש, אין נמשך עמו יוצאי יריכו, שהרי לא הוליד את עצמו, ובכך עלה המספר לששים ושש. כלומר מן לאה שלושים ושתים ומן רחל אחת עשר, ומן זלפה שש עשרה ומן בלהה שבע, סכום הכל ששים ושש". רבנו אברהם מביא גם את פירוש אבי אביו: "ואבי אבא ז"ל היה אומר כי דרך העברים שכאשר כל החשבון במספר עשרתי, הם ממלאים אותו. ובכן נאמר כאן שבעים, אע"פ שהמספר ששים ותשע, כמו שנאמר בעומר "תספרו חמישים יום" (ויקרא כג, טז), אע"פ שהמספר שבע שבועות - תשעה וארבעים יום בלבד. וכן "ארבעים יכנו" (דברים כה, ג). רבנו אברהם מסיים דבריו, באמרו: "ופירוש ר' אברהם בן עזרא ז"ל הנכון שבפרושים כולם והקרוב שבהם. וסיוע לו מקרא ערוך "בשבעים נפש ירדו אבותיך וגו'" (דברים י, כב), ויעקב מיורדי מצרים בלי ספק".

דומה כי ביחסו לראב"ע מבטא רבנו אברהם את יחסו לפרשנות המקרא בכלל. רבנו אברהם חולק על ראב"ע מחד, ומקבל את דבריו מאידך. הקו המנחה אותו הוא התאמת הפירוש למקראות. רבנו אברהם אף מנמק את דחיית פירוש ראב"ע או את קבלת דבריו, באותו נימוק, שהוא מידת התאמתם של הפירושם למקראות. וראה עוד בפירושו לבראשית מח, ה; ל, ח; לשמות טז, כט; יז, א.

רבנו אברהם בן הרמב"ם מתגלה לפנינו כפרשן מקורי ומעניין, מגוון ורב תוכן. די להעיף מבט במיגוון הנושאים המוצאים את מקומם בחיבורו, כדי לעמוד על חשיבות פירושו. בחיבורו נמצא את הרעיון שהמקרא מפרש את עצמו, עיון ביחסי פשט ודרש, התייחסות למדרשי חז"ל, עיון בבעיות ספרותיות כמו סדר הפרשיות במקרא וסדר כתיבת התורה. עיון באטימולוגיה של התיבות. הערות לשוניות וסגנוניות. פרשנות פסיכולוגית ופילוסופית. דיון בנושים תיאולוגים, הסמליות שבמאבק יעקב ועשו, הויכוח היהודי הנוצרי, פרשנות המנמקת את התנהגותם של אישי המקרא, התייחסות לקודמיו ועוד.

לרבנו אברהם נטייה לפרשנות הפשט. זאת ניתן לראות אפילו בהיבט שטחי, מביטויים כמו "קשה לפי הפשט" (בראשית ב, טו), "זה הוא פשט המקרא, והפירוש... איננו הפשט" (בבראשית לז, ח). "ופשטיה דקרא..." (שמות יז, א; כב, יג). מפאת מיעוט הדוגמאות קשה לגבש עמדה ברורה ביחס לגישת הפשט של רבנו אברהם, אולם דומה שגישת הפשט לשיטת רבנו אברהם, היא פרשנות תיבות פשוטן כמשמען, השוואה למקומות אחרים במקרא, בהם הלשון דומה, והתאמה לקונטקסט הכללי. במסגרת גישת הפשט של המחבר יש לראות גם את נטייתו לשים לב לדקויות סגנון, לאטימולוגיה של מלים, לסדר הפרשיות ועוד. גישתו לחז"ל מודרכת אף היא ידי שאיפת הפשט. רבנו אברהם משבח מדרשי חז"ל או מסתייג מהם. הוא מטעים: "ומה מתוק מאמר קצת הדרשות", אבל טוען גם על מדרשים "שאין זו כוונת המקרא", או שהוא "דרש יפה רחוק מן הפשט".

לרבנו אברהם חוש היסטורי העולה מתוך פירושיו. הוא מוצא בפסוקים רמז להתגלות האיסלם. ומתאר את המאבק ההיסטורי הממושך שבין יעקב לעשיו, ואת הויכוח היהודי נוצרי. הוא דן בנושאים מחשבתיים כמו שאלת הביטחון וההשתדלות. האם נהגו אבותינו כשורה כאשר עשו השתדלות במקום לבטוח בה' בלבד. האם נהג יוסף כהלכה כאשר שם מבטחו בשר המשקים ולא בה'. לדעת רבנו אברהם, השתדלותם של אברהם ויצחק להינצל מפרעה ומאבימלך, ולהציל את נשותיהם, היא דרך נכונה, וכן גם בניסיונו של יוסף להינצל באמצעות שר המשקים. הבעיה לדעתו, איננה בהשתדלות, אלא במידת האמונה הקודמת לה: "אם יהיה בטחונו של המאמין שלם, לא יגרע מביטחונו אם ישתמש בסיבות רגילות".

ניתן לומר כי לרבנו אברהם גישה פרשנית פשטית טבעית, עם נטיה לפרש את המקרא מתוך עצמו, מבנהו, לשונו ואווירתו. עם מגמה להסתייע בפרשנות הפסוקים לשם הבהרת נושאים הסטוריים, ולהבנת מניעי פעולתם של אישי המקרא.

רבנו אברהם משתמש בחיבורים הפרשניים של קודמיו. מפאת מיעוט הדוגמאות קשה לעמוד על מידת השפעתם עליו. אולם כמות החומר מאפשרת להתרשם מדרכו ונטייתו הפרשנית. רבנו אברהם בחר לצטט מהם פירושים הקשורים לנושאים החביבים עליו, התואמים את נטייתו ואשר מצויים גם בפירושיו.

על תרגום אונקלוס אומר הרמב"ם ש"אונקלוס הגר שלם מאד בלשון העברית והארמית, וכבר שם השתדלותו בסילוק ההגשמה". רבנו אברהם מצטט ממנו פירושים הקרובים לפשט. כגון לפסוק "ותפול מעל הגמל" (בראשית כד, סד), הוא מעיר: "או נפלה לארץ כמו שנותנת משמעות מקרא". הוא מביא מהמתרגם פרשנות אטימולוגית (לבראשית מ,ד; לשמות טו, כא). הוא דן דיון לשוני סגנוני בפירושו לפסוק "אז חללת יצועי עלה" (בראשית מט, ד), כשהוא מאמץ את דברי התרגום, ומסיק מסקנה חנוכית הנובעת מלשון הכתוב. לפסוק "והיה כאשר תריד" (בראשית כז, מ) מצטט רבנו אברהם מהתרגום, ומסיק מדבריו שעם ישראל ישלוט לעשו אם יהיה דבק בה'. כלומר מצטט מהתרגום פירוש הדן במחשבת המקרא. נראה אפוא, שרבנו אברהם מסתייע בתרגום אונקלוס לפרשנות הקרובה לפשט, תוך שימת לב לבעיות אטימולוגיות, סגנוניות, ועיון במחשבת המקרא - נושא הנידון במקרא עצמו.

מפירושי ר' סעדיה גאון בחר רבנו אברהם להביא דיון במשמעותה של וא"ו החבור (לבראשית כז, כח "ויתן לך"), ובמשמעות הביטוי "צבא" בהקשריו השונים במקרא (לבראשית ב, א), עיון בביטוי "ביום" (לבראשית ב, ד), והתחקות אחר מניעי פעולתם של אישי המקרא. מר' שמואל בן חפני מקבל רבנו אברהם פרשנות רעיונית. מדוע קנה יעקב חלקת שדה בשכם, זאת, תוך דיון בדרך התערות יעקב בארץ. הוא דן בשאלה מה עמד ביסוד שכחתו של שר המשקים את יוסף, ומביא את דעתו של ר' שמואל בן חפני שהשכחה היתה מכוונת מאת ה'. פירושו נשען על משמעות "לא זכר" במקרא, שעניינה לא שכחה אלא הימנעות מלייחס תשומת לב לדבר. רבנו אברהם מביא מפירושי אביו זקנו נושאים הקשורים למניעי פעולתם של אישי המקרא, כגון מדוע ברך יצחק את עשו, מדוע כעסו האחים על יוסף. כן הוא מצטט ממנו פירוש העוסק במבנה הספרותי של תאור פגישת יוסף עם אחיו ושיחת האחים עם יעקב בשובם לארץ כנען. לפסוק "אם כסף תלווה את עמי" (שמות כב, כד), מצטט רבנו אברהם מאביו זקנו שפירש בדרך הפשט, שהביטוי "אם" אין משמעו חובה, אלא רשות, כמשמעות הראשונית של המלה, אף בהזדקקותו לפירוש ראב"ע בולטת אותה מגמה. הוא מצטט ממנו פירושים שהוא משבח או דוחה בהתאם למידת התאמתם לכתובים. כך הוא מציין: "ופירוש ר' אברהם בן עזרא ז"ל הנכון שבפירושים כולם והקרוב שבהם, וסיוע לו מקרא ערוך" (לבראשית מו, יד).

לעומת זה ממעט רבנו אברהם לפרש פרשנות פילוסופית. דומה כי המנעותו מפרשנות הדנה בנושאים פילוסופיים, היא תוצאה של מגמתו הפרשנית. בולטת גם המנעותו מלצטט פירושים פילוסופיים בשם אביו הרמב"ם, והוא עושה זאת בחיבורו מעט מאד.

העיון במסגרת הפרשנית אותה בחר לעצמו, באוסף הסלקטיבי של הבאות מדברי קודמיו, בהתמקדותו בפירושי פשט, עיון לשוני וספרותי, נימוקי תופעות והתנהגות אישי המקרא, פרשנות פסיכולוגית ועיון במחשבת המקרא, מצביעים על מגמה פרשנית אותה קבע רבנו אברהם לעצמו. רבנו אברהם סלל לעצמו דרך פרשנית עצמאית, ולא ראה את עצמו בהכרח, כממשיך דרכו המחשבתית של אביו. גישתו פשטית וטבעית. הוא נותן למקרא לפרש את עצמו. הנושאים המעסיקים את חיבורו הפרשני, עולים בטבעיות מתוך המקרא. אין הוא נמשך אחר פרשנות העוסקת בנושאים חוץ מקראיים, כמו פרשנות פילוסופית. זו מצויה אצלו בכמות מזערית.

חוט של חן משוך על פירושיו, העולים בטבעיות מתוך המקראות, התואמים את לשון מקרא, מבנהו הספרותי, אווירתו והלך הרוח של אישיו. אולם למרבה הצער, לא זכה פירושו של רבנו אברהם בן הרמב"ם לתפוצה הולמת. קרה לו מה שקרה לרבים אחרים שחיו בצלם של גדולים, כמו הפרשנים הצפון צרפתיים שחיו בדורות שאחרי רש"י, ורש"י האפיל עליהם, חיבוריהם נשארו עלומים, חבושים וטמונים בכתבי יד, מבלי שיזכו את הרבים.

אמרנו, יהי רצון שדברינו הלוטים בזה, יתרמו להפצת דברי הראשונים.