בסתיו 1947 נשלח ישראל הדני מחיפה כדי לארגן מחדש את הסניף בצפת, שרבים מלוחמיו נעצרו בידי הבריטים. כסגנו מונה מנחם שמול ("אורי"), שהיה בן המקום והכיר את חברי הארגון בצפת. הדני התאכסן במלון "הרצליה", בבעלות משפחת פרל, שבניה היו בין העצורים. מצבת הנשק בצפת התאימה בקושי לאימונים, ובודאי לא ללחימה. בחיפושיו אחר נשק, נודע להדני כי בצפת קיים מחסן ישן ובו 14 רובים צרפתיים. מקורם של רובים אלו היה בעסקת הנשק שנעשה בשנת 1939 בין האצ"ל והממשלה הפולנית. אותה עת החליף הצבא הפולני את הרובים הצרפתיים שהיו בשימושו ברובים שיוצרו בפולין, והממשלה הפולנית הסכימה לחמש את הארגון ברובים צרפתיים וכן במכונות ירייה ובתחמושת רבה. אלא שבינתיים פרצה מלחמת-העולם השנייה ורק מקצת הרובים הגיעו לארץ-ישראל. אותם 14 רובים היו תחילה ברשות פלוגת הגיוס של בית"ר ששכנה בראש-פינה, ולאחר פירוק הפלוגה, הועברו הרובים לצפת. אלא שכל אלה שידעו את מקום המחבוא של הרובים היו עצורים בידי הבריטים, חלקם אף הוגלו למחנות המעצר באפריקה. למרבה המזל שוחרר באותם ימים מן המעצר בלטרון שמואל פרל, שהשתתף בזמנו בהטמנת הרובים במחסן מיוחד ליד בית-הכנסת של האר"י (יחד עם אחיו דניאל, שהיה אותו זמן עצור בקניה, וחברים נוספים). בעזרתו הוצאו הרובים מן המחסן, נוקו מן הגריז והוכנסו לשימוש מיידי. מאחר והאצ"ל וכן ארגון ההגנה נהגו להשתמש ברובים מתוצרת אנגליה, היה קשה למצוא בארץ תחמושת לרובים צרפתיים. בעיה זו נפתרה בעזרת משה שטרין, איש האצ"ל, שהצליח להעביר לצפת כדורים צרפתיים שהוברחו מלבנון. ³⁰ במשך הזמן נשלחו מחיפה לצפת 30 סטנים, 2 מקלעי ברן, רימונים וחומר נפץ, וכן משדר שבעזרתו נוצר קשר ישיר בין צפת למטה הארגון בחיפה.
לאחר החלטת האו"ם מה-29 בנובמבר 1947, החלו ערביי צפת להטריד את יהודי העיר. יש לזכור כי בצפת היה רוב ערבי מוחלט (9,000 ערבים לעומת 2,300 יהודים בלבד). כוחות ההגנה החלו בהקמת עמדות במקומות שונים בעיר, והתנגדו לכך שהאצ"ל יפעל כגוף עצמאי. כותב על-כך שמואל פרל בעדותו: ³¹

מפקד ההגנה בצפת היה מאיר מייברג, איש אצ"ל לשעבר, אך לא הוא קבע את היחס של ההגנה בעיר לאצ"ל, אלא מפקד הפלמ"ח באזור.
העניינים בין שני הארגונים הגיעו למתיחות רבה ובסופה איימו לחסל את האצ"ל בעיר. אולם לאחר פגישות מספר עם ועד הביטחון בצפת ועם ראש הקהילה מר משה פדהצור (שבנו היה אחד ממפקדי האצ"ל במקום), הגענו לידי הסכם, לפיו יהוו אנשי האצ"ל כוח עצמאי ותהיה לו נציגות במטה ההגנה. מפקדי העמדות של האצ"ל יעמדו תחת פיקוד מפקדי הקטעים השונים של ההגנה.

אכן, האצ"ל המשיך להחזיק בעמדת שארף, אותה הקים עוד לפני ההסכם עם ההגנה ואותה לא עזב עד תום הקרבות בעיר.
בראשית 1948 הוחלט לצאת לפעולת תגמול בכפר עין-זיתון שליד צפת. לפי הידיעות שהגיעו לאצ"ל, נכנסו לכפר מתנדבים סורים ועיראקים והם מתאכסנים בבית בן שלוש קומות. התוכנית הייתה להיכנס לכפר במכונית צבאית ולפוצץ את הבית על שלוש קומותיו. המכונית הגיעה מתל-אביב, בפיקודו של צבי ברזל ("קקטוס"), וישראל הדני יצא מצפת למקום המפגש בהר-כנען. לאחר הפגישה אירעה תקלה במכונית, ששקעה בבוץ שנוצר עקב הגשם השוטף שירד אותו יום. ארבעת הלוחמים שהיו במכונית, כולם לבושים במדי הצבא הבריטי, יצאו כדי לחלץ את המכונית מן הבוץ. אנשי הפלמ"ח שחנו בקרבת מקום באו כדי לעזור, אולם ברגע שנודע להם כי מדובר באנשי האצ"ל, דרשו שיעזבו מיד את המקום. לאחר שצבי ברזל סיפר להם שאנשי האצ"ל עומדים לבצע פעולה נגד הערבים בכפר עין-זיתון, הוקפה החבורה על-ידי קבוצה גדולה של אנשי פלמ"ח, וארבעת חברי האצ"ל הועברו למעצר. הם נחקרו במשך מספר ימים ולאחר מכן הועברו לאוטובוס שנסע לטבריה והוזהרו שלא לחזור לצפת.
מטבריה חזר ישראל הדני לחיפה ושמואל פרל היה למפקד האצ"ל בצפת. ³²
התקרית בהר-כנען לא העיבה על היחסים בין האצ"ל וההגנה בעיר צפת, ושיתוף הפעולה בין שני הארגונים אף התהדק. לוחמי האצ"ל ששמרו בעמדת שארף, הצליחו להדוף מספר התקפות של הערבים ומנעו מהם מלפרוץ לרובע היהודי.
ב-16 באפריל הודיע מפקד הצבא הבריטי בצפון שהם החליטו לעזוב את האזור והציע לוועד הקהילה לפנות את העיר מהילדים והנשים. הוא הודיע שיעמיד לצורך הפינוי מכוניות עם דגל של "הצלב האדום", אולם הצעתו נדחתה, ובשעות הצוהריים החלו הבריטים לצאת את האזור. עם הפינוי נכנסו כוחות ערביים למצודה וכן לבניין המשטרה בצפת. בלילה נכנסה לעיר מחלקה של הפלמ"ח, כארבעים איש, אליהם הצטרפו הכוחות שהיו כל הזמן בצפת, ביניהם גם אנשי האצ"ל שהמשיכו להחזיק בעמדת שארף. בראשית מאי 1948 פתחו אנשי הגדוד השלישי של הפלמ"ח בהתקפה על המצודה, בעוד אנשי עמדת שארף עסקו בחיפוי וריתוק העמדות הערביות. אברהם בירנבאום (מפקד האצ"ל בגליל העליון) מספר בעדותו כי "לאחר שחרור צפת התקיים מסדר כללי בו הופיע הארגון בתור חטיבה נפרדת על נשקה".
לאחר שחרור העיר היה חשש שהערבים יערכו התקפת נגד. כדי לחזק את כוחות היהודים, ביקש שמואל פרל תגבורת, ואכן הגיעה מתל-אביב גונדה (מחלקה) של לוחמים, מצוידים ברובים, מקלעים ומרגמות. אנשי האצ"ל תפסו עמדות מחוץ לעיר, בתיאום מלא עם ההגנה.
ביולי 1948 התפרק האצ"ל בצפת ולוחמיו הצטרפו לצה"ל על נשקם.

פלוגת הגיוס של בית"ר במשמר הירדן נוסדה בשנת 1936 ומנתה כעשרים איש, שעסקו בעבודות שונות ובשמירה. כידוע, שימשו פלוגות הגיוס של בית"ר, בין היתר, כבסיסים לפעילות האצ"ל. במשמר הירדן נהגו לערוך קורסי מפקדים של הארגון. כזכור, נערך במקום ב-18 בנובמבר 1939 קורס מפקדים, וביומו האחרון הוקפו האנשים בצבא ומשטרה ו-38 איש נאסרו ונשפטו לתקופות מאסר שונות. מאסר ה-38, ובתוכם ארבעה מחברי הגרעין החקלאי, השפיעו קשות על עתיד הפלוגה, ואלה שנשארו התקשו לתחזק את המשק. במשך תקופה של שנה וחצי עובדו אדמות משמר הירדן על-ידי אנשי ההתיישבות הבית"רית בתל-צור, שהיו באים למשמר הירדן לתקופות קצרות. לבסוף הוחלט לאחד את שתי הנקודות ולהעביר את האנשים והציוד החקלאי ממשמר הירדן לתל צור.
לקראת סוף מלחמת-העולם השנייה, התארגנו בשורות חיילי הבריגדה היהודית עשרות גרעיני התיישבות, ביניהם גרעין "ווג'בוד" של בית"ר. ב-10 בינואר 1947 עלה גרעין זה והתיישב במשמר הירדן. ³³
בסוף 1946 נתמנה אליעזר בן-יקיר (זיסקינד) מפקד סניפי האצ"ל בגליל (שכללו את צפת, ראש פינה, טבריה ומשמר הירדן) וקבע את מקום מושבו במשמר הירדן. ³⁴ שם פגש את שרה קאושנסקי, חברת האצ"ל מחיפה שנשלחה למקום כקשרית, ובתחילת 1947 נשא אותה לאישה. במרס אותה שנה נסעו השניים לתל-אביב לביקור אצל הורי אליעזר, אולם בעוצר הגדול שהוכרז בעיר נעצר בידי הבריטים, ושרה חזרה בגפה למשמר הירדן.
אליעזר בן-יקיר (זיסקינד) נולד בתל-אביב בשנת 1922. בגיל 18 התגייס לנוטרות, עבר כעבור שנתיים קורס מ"מ ולאחר מכן התגייס לצבא הבריטי. בהיותו בצבא, הצטרף בשנת 1944 לאצ"ל באמצעות יעקב בן-מאיר (קפלן), שלימים היה קצין בבריגדה היהודית. ³⁵ אליעזר שירת ביחידת תובלה במצרים ויחד אתו שירת גם יוסף גלעדי, אף הוא חבר באצ"ל. באחד הימים סיפר יוסף כי קרוב שלו, המשרת בחיל האוויר, יכול לספק מכשיר קשר לשידור וקליטה, המסוגל לשמש כמשדר רדיו. השניים יצאו במכונית למחנה הצבאי באיסמעיליה, ויוסף נכנס למחנה בעוד אליעזר נשאר במכונית שחנתה מחוץ למחנה. כעבור זמן קצר יצא יוסף ובידו קיט-בג ובו מכשיר הקשר. כעבור חודש ימים נסע אליעזר לארץ-ישראל, ובתחנת הרכבת ברחובות מסר את הקיט-בג לישראל פיינרמן שחיכה לבואו. כך הגיע לידי האצ"ל בארץ מכשיר ששימש את תחנת השידור של הארגון. ³⁶ בימי הקרבות של שחרור העיר חיפה בשנת 1948, שימש בן-יקיר מפקד "האוצרון" בעיר, ולאחר כיבוש ואדי ניסנס, נכנס עם יחידתו להחזיק באזור הכבוש. עם הצטרפות גדודי האצ"ל לצה"ל, ביוני 1948, נתמנה אליעזר בן-יקיר מפקד פלוגה בגדוד 35 שהיה בפיקודו של אליהו כץ.
לאחר מעצרו של אליעזר בן-יקיר, נשלח פנחס ראם מחיפה לשמש מפקד הגליל. כעבור מספר חודשים, בסוף 1947, נתגלתה זהותו. הוא הוחזר לחיפה ונתמנה מפקד החת"ם בעיר ובמקומו נתמנה אברהם בירנבאום מפקד הגליל. ³⁷
לאחר החלטת האו"ם מה-29 בנובמבר גברה המתיחות בגליל, ובמשמר הירדן הוקמה ועדת ביטחון מקומית בת שלושה חברים: אליעזר סגל, יושב ראש ועד האיכרים, נתן אדלר, שהיה אחראי מטעם ההגנה במקום ושמואל בן-אברהם מטעם האצ"ל. הוועדה קבעה את עמדות המגן ביישוב וחברי "ווג'בוד" התחייבו לשתף פעולה עם ההגנה ולהימנע מפעולות צבאיות עצמאיות.
התנכלות הערבים החלה עוד לפני הפלישה של הסורים לארץ-ישראל, וב-5 בינואר 1948 נשדד עדר הצאן של ארגון "ווג'בוד" על-ידי קבוצת ערבים מזוינים שבאו מסוריה. נציג ההגנה הופיע במקום וביקש מאנשי הארגון שלא להגיב מאחר וההגנה מתכננת פעולת תגמול. ואכן באותו לילה תקפה יחידה של הפלמ"ח את הכפר הערבי מנסורה, פוצצה את תחנת המשטרה ואת גשר בנות יעקב. אולם התנכלות הערבים למשמר הירדן לא פסקה, וב-6 בפברואר פוצצה הטורבינה של מכון המים שעמד במרחק של 2 ק"מ דרומית למושבה, ומאז היה צורך להביא את המים מן הירדן בחביות על עגלת פרדות.
עם הידרדרות המצב הביטחוני פנתה ועדת הביטחון המקומית למפקדת הגליל וביקשה תגבורת בנשק ובכוח אדם. כאשר לא נענתה, פנה שמואל בן-אברהם למפקדת האצ"ל (באמצעות מפקד מחוז חיפה והגליל) ובראשית אפריל יצאה מתל-אביב לעזרת משמר הירדן יחידה בת 12 לוחמים ועמם 40 סטנים משומנים וארוזים וכן מחסניות ותחמושת. בהגיעם למגדל, נעצרו על-ידי אנשי הפלמ"ח שהובילום לקיבוץ גינוסר, שם החרימו את הנשק וכעבור יומיים החזירו את הבחורים לעפולה. כדי להצדיק את המעשה, פרסמה מפקדת ההגנה הודעה לפיה "קבוצת אצ"ל הופיעה בסביבת משמר הירדן כדי לבצע פעולות שהיו עלולות להפריע את תוכנית הגנת הגליל העליון. כדי למנוע פעולה זו פורק הנשק מעל קבוצת האצ"ל ". תגובת האצ"ל לא איחרה לבוא, ובהודעה שהתפרסמה ב"קול ציון הלוחמת" וכן בכרוזים שהודבקו בחוצות נאמר, בין היתר: "הודעת מפקדת ההגנה כוזבת מאלף ועד תיו. היחידה שלנו נשלחה למשמר הירדן אך ורק כדי להגן על הנקודה, ובידיעתם של מפקדי ההגנה במקום ... ".