פילוג באצ"ל
רזיאל ראה בגרמנים את האויב מספר אחת של עם-ישראל, ולכן החליט שיש לשתף פעולה עם הבריטים נגד האויב המשותף. עם פרוץ המלחמה כתב רזיאל מכתב, בו הודיע על נכונותו להפוגה והציע את עזרתו לבעלות-הברית במלחמתן בנאצים. את המכתב שלח אל מפקד הצבא הבריטי בארץ וכן אל מזכיר הממשלה ואל המפקד הכללי של המשטרה. במקביל, שלח רזיאל הוראה לזרעוני, שנתמנה מפקד הארגון לאחר מאסרו של קלעי, על פיה עליו לפרסם כרוז ובו הודעה על הפסקת פעולות האצ"ל. בעקבות פנייתו זו של רזיאל, הפיץ זרעוני ב-11 בספטמבר כרוז, שנאמר בו, בין השאר:
כדי לא להפריע למהלך המלחמה נגד גרמניה וכדי להקדיש מקסימום של כוחות לעזרת אנגליה ובעלי בריתה, מחליט הארגון הצבאי הלאומי על הפסקת פעולותיו התוקפניות בארץ-ישראל, העלולות לפגוע בממשלה האנגלית ולסייע במידה כלשהי בידי אויבו הגדול ביותר של העם העברי בעולם - הנאציזם הגרמני ...

הכרוז מסתיים בהבעת האמונה שהמלחמה תיתן "לעם המעונה את הפיצוי האחד והיחיד המגיע לו - הקמת עצמאותו הממלכתית בגבולות ההיסטוריים של המולדת המשוחררת".
מאז ומתמיד גרס רזיאל כי הערבים הם האויב ולא הבריטים. הוא ראה בבריטניה בעלת ברית אסטרטגית, שבעזרתה ניתן יהיה להקים את הבית הלאומי ליהודים בארץ-ישראל. כשנה לאחר התמנותו מפקד האצ"ל, הסביר רזיאל לראשי השלטון הבריטי בארץ את השקפתו המדינית. במכתב מ-29 בדצמבר 1938 שנשלח על-ידי רזיאל לנציב העליון, למפקד הצבא ולראש הבולשת, נאמר בין השאר: 25
אי-ההבנה החמורה הראשונה היא בעמדה המיוחסת לי כלפי הממשלה. אם המידע שבידי הינו מהימן, מתארים אותי כאויבה של בריטניה הגדולה בפלשתינה ... זוהי טעות מוחלטת ...
הציונות אינה יריבה לאנגליה ... ההיפך הוא הנכון: אין לנו כל ספק שארץ-ישראל יהודית תהיה מעוז לאינטרסים הבריטיים במזרח הקרוב. אנו רואים את העמדה העוינת כלפי הציונות מצידם של נושאי משרות מסוימים כאי-הבנה מצערת, או כבוּרוּת. כל מדינה ערבית יכולה, ביום מן הימים, לנתק את קשריה עם כל מעצמה אירופית. מדינה יהודית אינה יכולה. ארץ-ישראל יהודית, מוקפת משלושת עבריה על-ידי ערבים, תצטרך תמיד לסמוך על מעצמה אירופית ועל מדיניות נאמנה ...
ייתכן שפעולות מסוימות גרמו לך צרות. יש להצטער על כך, אך חשוב להבין כנגד מי וכנגד מה הם כוונו ...
מיד עם מעצרו של רזיאל, הוחל בהכנות לשחררו מן המעצר. המשימה הוטלה על יעקב מרידור, שעסק בתכנון בריחתו של רזיאל ממחנה המעצר בצריפין. שישה חודשים נמשכו ההכנות, ובסיומן הודיע מרידור לרזיאל כי נמצאה דרך לבריחתו מן המעצר. אלא שבינתיים פרצה מלחמת-העולם השנייה ורזיאל השיב למרידור כי במצב זה לא יברח. רזיאל חיפש דרכים לשיתוף פעולה עם הבריטים במלחמתם נגד הגרמנים ועל כן לא מצא טעם לברוח. הנחתו של רזיאל היתה כי בעקבות התזכיר ששלח לשלטונות הבריטיים, ישוחררו כל העצורים ויוחל בשיתוף פעולה בין הצדדים. אולם לא רק שאיש לא שוחרר, אלא שהמעצרים נמשכו במלוא המרץ ומספר חברי האצ"ל במחנה המעצר הלך וגדל.
בינתיים הועברו חברי המפקדה מבית-הסוהר בירושלים למחנה המעצר בצריפין. רזיאל נזף בהם על פעולותיהם נגד מטרות בריטיות ואמר בין השאר: 26
מה יצא מזה שפוצצתם כמה תאי טלפון? כל המפקדה יושבת בבית-הסוהר, ולמעשה האצ"ל משותק דווקא עכשיו, כאשר אנו כל כך זקוקים לצבא.
חברי המפקדה לא היו תמימי דעים עם רזיאל באשר למדיניותו ובמיוחד הביעו תמיהה על-כי לא היתנה תנאי כלשהו בתמורה לשיתוף הפעולה עם הבריטים. כן היתה אי שביעות רצון מהתקרבותו היתרה לראשי המפלגה הרוויזיוניסטית, שאף הם היו עצורים בצריפין.
בעוד נמשכים הוויכוחים בין חברי המפקדה במחנה המעצר, גברה הפעילות בחוץ לשחרור כל העצורים ורזיאל בראשם. פעיל במיוחד היה פנחס רוטנברג, שהצליח לשכנע את השלטונות להיפגש עם רזיאל ולשמוע ממקור ראשון על כוונותיו של הארגון. ואמנם באמצע אוקטובר 1939, הובא רזיאל לירושלים לפגישה, שהשתתפו בה ראש הבולשת הבריטית (ג'יילס), סגן מזכיר הממשלה וכן פנחס רוטנברג. רזיאל חזר על הצהרתו, שעקב מצב החירום החליט הארגון להפסיק את כל הפעילות המלחמתית והעלה את הצעותיו לשיתוף פעולה עם הבריטים במלחמתם נגד הגרמנים.
למחרת היום, ביום השישי אחר הצהריים, נלקח רזיאל למשרדו של ג'יילס, שם הודיעו לו על שחרורו מן המעצר. הוטל עליו להתייצב אחת לשבוע במשרדו של ג'יילס בירושלים. השעה היתה מאוחרת כאשר יצא רזיאל לחופשי, ובהיותו יהודי שומר מצוות החליט לעשות את השבת באחד מבתי-המלון אשר בעיר. הוא הצליח להעביר פתק אל שושנה אשתו, בו הודיע לה על שחרורו. ביום הראשון נסע רזיאל לבית הוריו בתל-אביב )הוא חשש לגשת לדירתו, מאחר שהניח כי הבריטים לא ידעו כי הוא נשוי ולא רצה לסכן את אשתו לא לצורך(. שושנה באה לפגוש אותו בבית הוריו ומצאה אותו במצב רוח סוער. באותו יום קיבל מכתב מחברי המפקדה שנשארו במעצר ובו השגות על התנהגותו. הם האשימוהו בכך שהוא מחשיב את דעתם של ראשי המפלגה הרוויזיוניסטית יותר מאשר את דעת חבריו למפקדה; כמו כן חלקו על מדיניותו במגעיו עם הבריטים. אולם ההאשמה החמורה ביותר היתה כי רזיאל קנה את חירותו האישית במחיר שיתוף פעולה עם הבולשת הבריטית. למחרת יצא רזיאל בלוויית שושנה למחנה המעצר בצריפין לאסוף את חפציו. במחנה הוא קיים פגישה ארוכה עם חברי המפקדה, אשר הטיחו בו האשמות כבדות. רזיאל הבין כי נתגבשה נגדו חזית משותפת, והגיע למסקנה כי מאחר שאינו יכול להמשיך לעבוד עם אנשים שאינם נותנים בו אמון, עליו להתפטר. בסופה של הפגישה בצריפין, הסכים רזיאל להמשיך בתפקידו רק עד שישוחררו חברי המפקדה מן המעצר.
כשמונה חודשים מיום שחרורו של רזיאל עוד שהו חבריו במעצר. בתקופה זו גברה ההתמרמרות והעמיקו חילוקי הדעות. בכל אותם ימים, התייצב רזיאל אחת לשבוע במשרדו של ג'יילס וכאשר הוצע לו לרדת למחתרת ועל-ידי כך להשתחרר מן הצורך להתייצב במשטרה, ענה כי אם יעשה כך ייגרם נזק לחברים שנמצאים במעצר. רזיאל ניצל את פגישותיו עם ג'יילס כדי לזרז את שחרור חבריו ואמנם ב-18 ביוני 1940 שוחררו לבסוף חברי המפקדה. למחרת היום התקיימה בתל-אביב ישיבה של המפקדה, שהיתה סוערת מאוד. בישיבה הטיחו החברים האשמות זה בזה ובסופה הודיע רזיאל על התפטרותו. במקומו נבחר אברהם שטרן לראש המפקדה, שהשתתפו בה חנוך קלעי, אהרון חייכמן וכן חיים לובינסקי.
כעבור מספר ימים, נודע דבר המהפך בצמרת הארגון לראשי הצה"ר ובית"ר, אשר הבינו מיד כי פירוש הדבר הוא התנתקות הארגון מן המפלגה. הם העמידו את רזיאל על משמעות המהפך, וביקשו ממנו לחזור בו מהתפטרותו ולהמשיך להנהיג את האצ"ל. אלא שהיה צורך בהתערבותו של ז'בוטינסקי כדי להחזיר את הגלגל אחורנית. על כן נשלח ב-12 ביולי מברק לז'בוטינסקי בשם כל חברי הצ"ח ושלטון בית"ר, ובו בקשה למנות מחדש את רזיאל כמפקד האצ"ל. ז'בוטינסקי נענה לבקשה וכעבור חמישה ימים הגיעה תשובתו באמצעות שני מברקים; האחד אל רזיאל, שנאמר בו, בין היתר: 27
אני ממנה אותך מחדש לתפקידים שמילאת על כה, ביפוי-כוח מלא למנות ולפטר עוזרים ונושאי תפקיד בכל ענף שהוא במחלקתך ...

המברק השני היה מופנה אל שטרן, ובו פקודה לציית לכל הוראה של רזיאל.
בתחילה לא רצה שטרן בפילוג. הוא שאף להיבחר כמפקד הארגון ובתור שכזה, להגשים את רעיונותיו. אולם, עם קבלת שני המברקים של ז'בוטינסקי, היה הפילוג בלתי נמנע. המחלוקת בין שטרן לרזיאל נסבה סביב שתי סוגיות עיקריות )מלבד, כמובן, בעיות אישיות ועניין של אופי וסגנון, שמוסיפים במקרים כאלה שמן על המדורה(: הסוגייה האחת היתה - שאלת מרות המפלגה. שטרן וחבריו טענו כי על הארגון להשתחרר מתלותו במפלגה הרוויזיוניסטית ולהחליט בעצמו על דרכו המדינית. לדעתם, ראשי התנועה הרוויזיוניסטית, בהיותם ליגליים וגלויים לשלטונות, מערערים את הקונספירציה ומונעים את התפתחות המלחמה מתוך דאגתם לקיום המפלגה. לעומתם טען רזיאל כי המפלגה היא העורף הציבורי, ממנו שואבת המחתרת תמיכה מוסרית וכספית והיא משמשת מאגר לגיוס לוחמים להרחבת השורות. לדעת רזיאל, מנהיגי התנועה ובראשם זאב ז'בוטינסקי, מתווים את הדרך הפוליטית ועל האצ"ל לקבל את מרותם.
הסוגיה השנייה היתה - שאלת הפסקת המלחמה בבריטים. שטרן טען, כי אין להפסיק את המלחמה בבריטים, אפילו הם נמצאים במצב מלחמה עם גרמניה. לדעתו, כל עוד הבריטים שולטים בארצנו, הם האויב מספר אחת שלנו ויש להילחם בהם עד לסילוקם מן הארץ. רזיאל טען לעומתו כי הגרמנים הם האויב מספר אחת של עם ישראל, ואין להקשות על הבריטים כל עוד הם נלחמים בהיטלר. הפסקת מלחמתנו בשלטון הזר היא זמנית והיא תחודש כשגורל המלחמה בהיטלר יוכרע. בעניין זה היה רזיאל תמים דעים עם ז'בוטינסקי.
הפילוג, שהיה לעובדה, השחית כל חלקה טובה בארגון. כבכל פילוג, היו האשמות והשמצות הדדיות וכמובן שהיה מאבק מר על מחסני הנשק. ככלל, ניתן לומר כי בעוד המפקדה נטתה אחרי שטרן, הרי חברי בית"ר בארגון מילאו אחר מצוות ז'בוטינסקי והלכו עם רזיאל. שטרן, שרצה לשמור על זיקה לעבר, קרא לארגונו החדש "ארגון צבאי לאומי בישראל", לעומת ארגונו של רזיאל שנשאר עם השם המקורי "ארגון צבאי לאומי בארץ-ישראל". לאחר הירצחו של שטרן (ב-12 בפברואר 1942) , שינו ממשיכי דרכו את שם הארגון ל"לוחמי חרות ישראל" (לח"י).
עם בוא הידיעה על הפילוג לסניף ירושלים, שהיה נתון לפיקודו של גמליאל הלפרין, נערך מסדר של מפקדים, בו נמסרה הודעת המפקדה על המשך פעילותו של הארגון בפיקודו של דוד רזיאל, אשר חזר גם לתפקידו כנציב בית"ר בארץ. לאחר מכן כונסה פגישת מפקדים עם רזיאל ולאחר דברי הסבר מפיו על השתלשלות העניינים, בחרו רוב המשתתפים לקבל את מרותו של רזיאל. מפקדים אחדים הצטרפו לארגון בפיקודו של אברהם שטרן, ואחרים פרשו מכול פעילות. הלפרין דאג לליכוד השורות, ובעיר נערכו קורסי "סגנים" כדי לאפשר את קליטתם של חברים חדשים.
לאחר הפילוג, עבר דוד רזיאל לגור בירושלים וכדי להסוות את פעילותו בעיר, הוא נרשם לבחינות- גמר באוניברסיטה העברית. את הישיבות עם חברי המפקדה החדשה קיים בבית-הספר שפיצר ("הארמון"). הבניין, שהוא המפואר והבולט ביותר בשכונת הבוכרים, נבנה ב-1905 על-ידי משפחת יהודיוף. מסופר כי כוונת המשפחה היתה להכין בית, בו יוכל המשיח להתגורר ולקבל את אורחיו כשיגיע לירושלים. בזמן מלחמת העולם הראשונה, שכנה בבניין המפקדה של הצבא התורכי ובזמן שלטון הבריטים, שימש הבניין כאכסניה לבית-הספר לבנות בהנהלתה של גב' חנה שפיצר. כבר מראשית ימיו של האצ"ל, העמידה חנה שפיצר את בית-הספר לרשות המחתרת וכינויו המחתרתי היה "הארמון". בבניין נערכו פגישות ואימונים בנשק ובחצר הגדולה נערכו מסדרים ותרגילי סדר. מאוחר יותר נערכו בבניין גם קורסים ל"סגנים" (מפקדי כיתות). דוד רזיאל הִרבה לבקר בבית-הספר, ובמשך הזמן התפתח רומן בינו לבין שושנה שפיצר (בִתה של חנה), שהסתיים בנשואין.
הפילוג שבר את ליבו של ז'בוטינסקי, וכעבור שבועות מספר, נפטר מהתקף לב בשהותו במחנה בית"ר ליד ניו-יורק. הידיעה על מות ז'בוטינסקי הכתה את תלמידיו בתדהמה והאבל בארץ ובתפוצות היה כבד.