הכרזת המרד
התסיסה בקרב חברי הארגון הלכה וגברה והתחושה היתה, שכדי לחדש את המאבק בשלטון הבריטי יש להכניס שינויים מפליגים בהנהגה. "אמרנו שאנחנו צריכים למצוא אדם שיפקד עלינו ושלא היה לו כל קשר עם מה שהתרחש בזמן הפילוג ואחריו. אלא שקשה היה למצוא אדם כזה בארץ."1
באותם ימים הגיע ארצה מנחם בגין, אשר שימש כנציב בית"ר בפולין. עם פרוץ מלחמת-העולם נעצר בגין על-ידי הרוסים ונשלח למחנה מעצר. כעבור שנה לערך שוחרר בגין מן המעצר בעקבות ההסכם הסובייטי-פולני, לפיו שוחררו כל האזרחים הפולנים שהיו כלואים בברית-המועצות. בגין התגייס לצבא הפולני שהוקם בברית-המועצות ("צבא אנדרס") ובאמצעותו הגיע ארצה. מיד עם בואו, התייצב בפני מפקדת האצ"ל בארץ ולאחר שפשט את מדיו, הוצע לו לקבל על עצמו את הפיקוד על הארגון. אליהו לנקין, שהיה בין הפונים אל בגין, זוכר כי תגובתו של בגין היתה: "רבותי, הייתי בית"רי וחייל בצבא הפולני, אולם אין לי כל ניסיון צבאי". "אמרנו לו" נזכר לנקין, "כי לוחמים יש לנו. אנו זקוקים למנהיג, שיהיה בעל אוטוריטה ויתווה את הדרך המדינית והרעיונית".1
בדצמבר 1943 נבחר בגין להיות מפקדו של הארגון הצבאי הלאומי בארץ-ישראל. הוא הקים מפקדה חדשה שכללה את אריה בן-אליעזר, אליהו לנקין ושלמה לוי (לב-עמי, היחידי שהשתתף גם במפקדה היוצאת). בישיבתה הראשונה, החליטה המפקדה שתי החלטות חשובות: האחת - שיש להתחיל ללא דיחוי במאבק מזוין נגד השלטון הבריטי בארץ-ישראל, והשנייה - שעל הארגון להתנתק מן המפלגה הרוויזיוניסטית ולקבוע את דרכו בעצמו.
את התקופה מאז הפילוג של אברהם שטרן (יאיר) ועד תחילת המרד, מקובל לקרוא בהיסטוריה "תקופת מעבר", אשר מסתיימת בדרך-כלל בהפיכת חצר, שבאה כתוצאה מלחץ מלמטה. גם באצ"ל היה לחץ מלמטה, שהביא לידי מהפך. ואמנם, המפקדה הראשונה בראשותו של מנחם בגין, הורכבה מאנשים שלא השתתפו במפקדה הקודמת (להוציא את שלמה לב-עמי, ששמר על הקשר עם הסניפים). יעקב מרידור יצא לחופשה זמנית ובסיומה חזר לפעילות כחבר מפקדה.
ב-1 בפברואר 1944 הודבק על קירות הבתים ברחבי הארץ כרוז מיוחד, בו הכריז הארגון מרד בשלטון הבריטי בארץ. בכרוז נאמר בין השאר:2


אל העם העברי בציון !

אנו עומדים בשלב הסופי של מלחמת עולם זו. כיום עושה כל עם ועם את חשבונו הלאומי. מה הם ניצחונותיו ומה הן אבידותיו? באיזו דרך עליו ללכת, כדי להשיג את מטרתו ולמלא את ייעודו? מי הם ידידיו ומי אויביו? מי הוא בעל ברית אמיתי ומי הוא הבוגד? ומי ההולכים לקראת הקרב המכריע?
[...]
בני ישראל, נוער עברי!
אנו עומדים בשלב האחרון של המלחמה. אנו עומדים בפני ההכרעה ההיסטורית של גורלנו לדורות.
שביתת הנשק, אשר הוכרזה בראשית המלחמה, הופרה ע"י השלטון הבריטי. שליטי הארץ לא התחשבו לא בלויאליות, לא בוויתורים ולא בקרבנות; הם הגשימו ומגשימים את מגמתם: חיסול הציונות הממלכתית.
[...]
נסיק את המסקנות ללא חת. אין עוד שביתת נשק בין העם והנוער העברי לבין האדמיניסטרציה הבריטית בארץ-ישראל, המסגירה את אחינו בידי היטלר. מלחמה לעם בשלטון הזה, מלחמה עד הסוף.
[...]
וזו דרישתנו:
השלטון על ארץ-ישראל יימסר מיד בידי ממשלה עברית זמנית.
הממשלה העברית של ארץ ישראל, הנציג החוקי היחיד של העם העברי, תיגש, מיד לאחר הקמתה, לביצוע עיקרים אלה:
א. תקים צבא עברי לאומי.
ב. משא ומתן עם כל הגורמים המוסמכים בדבר ארגון האבקואציה ההמונית של יהדות אירופה לארץ ישראל.
[...]
עברים!
הקמת הממשלה העברית והגשמת תכניתה - זוהי הדרך היחידה להצלת עמנו, להצלת קיומנו וכבודנו. בדרך זו נלך, כי אחרת אין.
נלחם. כל יהודי במולדת ילחם.
[...]
עברים!
הנוער הלוחם לא יירתע מפני קורבנות, דם וסבל. הוא לא ייכנע, לא ינוח, כל עוד לא יחדש את ימינו כקדם, כל עוד לא יבטיח לעמנו מולדת, חרות, כבוד, לחם, צדק ומשפט.
ואם עזור תעזרו לו, הרי תחזינה עיניכם בקרוב בימינו בשיבת ציון ותקומת ישראל.
כה יתן וכה יוסיף לנו האלוהים!

הארגון הצבאי הלאומי בארץ-ישראל